La conformazione geografica dell'arcipelago, caratterizzata dalla presenza di numerosi isolotti e scogli e dalle coste molto frastagliate, ha favorito l'insediamento di diverse specie di uccelli. La più diffusa è sicuramente quella del Gabbiano Reale Mediterraneo (nome locale Gabbianu), una specie sedentaria e nidificante. Lo possiamo trovare lungo i moli e le banchine, dove approfitta dei resti della pesca che i pescatori gettano a mare, ma anche nelle discariche urbane alla ricerca di scarti alimentari.
Altra specie nidificante è il Gabbiano Corso, facilmente distinguibile da quello Reale Mediterraneo per il becco rosso e le zampe grigio-verde anzichè gialli. Oggi le numerose colonie sono notevolmente diminuite soprattutto perchè questo uccello non trova più nei luoghi di riproduzione, sempre più frequentati, la necessaria tranquillità per allevare la sua prole.
Vi è poi il Gabbiano Comune, nome locale Gabbianu du tempu malu (del tempo cattivo) che passa qui solo l'inverno e riparte verso la fine di aprile. Distinguibile dagli altri due per le dimensioni più ridotte.

L'ambiente costiero e quello interno delle isole favoriscono altre specie non marine. Così nelle nicchie granitiche costruiscono i loro nidi il Corvo Imperiale, l'ormai raro Falco Pellegrino, il Piccione Selvatico, il Passero Solitario, i muniti Scriccioli, la Cinciallegra, il Pettirosso ecc.
Nelle radure e nei pratini circostanti le rocce, costruiscono i loro nidi, sul terreno o sui rami delle macchie più basse, i Calandri, le Tottaville, i Saltimpalo, le Silvie (nome locale Ciaciarre), i Cardellini, i Merli.
Tra la vegetazione d'alto fusto, quindi nelle pinete nei lecceti ecc., nidificano le Cornacchie Grigie, gli Sparvieri ed in numero discreto anche Cardellini, Verdoni, Fiorrancini ed altri.
Tra i ruderi dei forti e delle vecchie postazioni militari costruiscono il loro nido, nelle cavità delle mura abbandonate, il Gheppio, la Civetta (anche se ormai rara), la Taccola; tra i cornicioni e i tetti le Passere Sarde e le Passere Lagie, le Capinere, gli Zigoli Neri.
Nell'arcipelago è inoltre notevole il transito di uccelli migratori dall'Africa verso l'Europa e viceversa, per cui le nostre isole assistono a volte al passaggio verso nord, nei mesi di aprile e maggio, dei Fenicotteri, delle Cicogne Nere, degli Aironi Cenerini, degli Aironi Rossi.