HijackThis permette di comprendere le cause di comportamenti "sospetti" del browser e del sistema in generale, anche qualora software come SpyBot o Ad-Aware non abbiano segnalato la presenza di componenti pericolosi.
Si tratta di un programma particolarmente adatto agli utenti più smaliziati che comunque può risultare di grande aiuto anche ai meno esperti. HijackThis, infatti, mette a disposizione un'utile funzione che consente di salvare ed esportare sotto forma di file di log (è un normale file di testo) le informazioni reperite sul vostro sistema. Tali informazioni posono essere trasmesse, per una completa analisi, al seguente sito web: http://www.hijackthis.de/ .
Dopo la pressione del pulsante Scan, HijackThis mostrerà una serie di elementi. Essi evidenziano le impostazioni delle chiavi del registro di sistema e dei files che regolano il funzionamento di Internet Explorer e del sistema. Si raccomanda di non premere mai il pulsante Fix checked  se non si conosce con precisione il significato di ogni elemento selezionato dall'elenco.