Luigi XIV ritenne necessario ridurre all'ubbidienza la chiesa francese per poter continuare il suo disegno politico assolutistico. Essa era già molto indipendente, sia dalla Chiesa di Roma sia dal re. Inoltre essendo l'assolutismo regio a livello teorico diretta emanazione della volontà divina, egli doveva in qualche modo comandare anche la chiesa francese. Riuscito in questo intento, la sua politica religiosa mirò ad utilizzare la religione cattolica come elemento unificante della popolazione e pertanto si irrigidì nei confronti di posizioni di dissenso rispetto al cattolicesimo dominante.
Ciò lo condusse a lottare contro il giansenismo, una corrente inserita all'interno del cattolicesimo ma che predicava il ritorno ad una semplicità spirituale, alla povertà dell'uomo, ad un codice comportamentale più rigido aderente alla norme del vangelo, contro una religione troppo permissiva nei confronti della mondanità. I due monasteri che vennero fondati in Francia da questo movimento, Port-Royal de Paris e Port-Royal des Champs erano aperti anche ai laici che volevano meditare questa dimensione religiosa più profonda, e tra questi vi fu il filosofo Blaise Pascal, che contribuì alla diffusione del giansenismo in Francia.
Ma la posizione giansenista venne considerata troppo vicina al protestantesimo, e il re, spinto dal fanatismo e dal ricordo delle guerre di religione, decise di eliminare questo elemento di destabilizzazione, chiudendo e poi distruggendo il monastero di Port-Royal des Champs. Ma nonostante ciò il giansenismo si diffuse e si identificò con coloro, borghesi e nobili, erano antimonarchici.
Luigi XIV si scagliò anche contro gli ugonotti, convinto dai suoi consiglieri che il numero di seguaci del calvinismo era esiguo, ritirò la libertà di culto concessa con l'editto di Nantes con l'editto di Fontainbleau. Ma i calvinisti non erano così pochi, e si lasciò quindi andare a persecuzioni che costrinsero molto ugonotti ad abbandonare il paese, con un grosso danno economico per l'industria, visto che portarono via la loro professionalità, che invece confluì nei paesi confinanti.