La storia di S. Teodoro va inserita in un certo modo in quella della Sardegna, e delle terre che si affacciano al mediterraneo. La comparsa dell'uomo in Sardegna risale tra i 400 e i 120 mila anni a.C.
Si deduce che la nascita della Sardegna sia data da dei fenomeni naturali e un ponte di terre emerse tra la Corsica, l'arcipelago toscano e il litorale toscano.
La posizione di S. Teodoro ha rappresentato un luogo di transito per raggiungere le terre più interne.
Quando ancora non si usava la fusione dei metalli si ricorreva alla lavorazione della pietra, e nacquero così degli oggetti di uso quotidiano e armi da caccia e per la difesa. Le abbondanti cave di ossidiana, servivano per fare scambi e baratti con i gruppi umani dell'area mediterranea, in particolare furono rinvenute punte e scheggie di ossidiana nei pressi dello stagno.
Tracce del periodo nuragico sono presenti a Narachéddu e a Ottiolu.
In epoca romana il centro abitato veniva denominato "Coclearia" dal nome di una particolare conchiglia. In seguito prese anche il nome di Oviddè, dalla piana sulla quale sorge per poi divenire San Teodoro di Oviddè e infine San Teodoro.
Solo dal 1959, San Teodoro riesce ad ottenere l'autonomia dal comune di Posada.

Gli stazzi.

Un tempo le famiglie Galluresi abitavano negli "stazzi" le tipiche abitazioni della Gallura. La parola stazzo significa la casa rurale di oggi, dove vivevano le famiglie del colono cioè le famiglie contadine con varie dipendenze quali (pascoli ,seminati ,vigne ,orto e il bosco). La forma tipica dello stazzo è originario dall' insediamento campagnolo gallurese dato che lo stazzo fuori della Gallura non esiste. Gli stazzi più vecchi erano generalmente più lunghi degli stazzi più recenti. Infatti le prime famiglie si stabilivano molto spesso in zone isolate, per cui il limite dell'occupazione e dello sfruttamento del territorio dipendeva da quante braccia erano disponibili. Ma dopo il 1750 il fenomeno della colonizzazione nel territorio Gallurese si intensificò. Di stazzi tra La Castagna e San Teodoro se ne contavano 119 nei quali le famiglie erano originarie di Tempio. Invece lo storico Giovanni Spano ne precisò 20 in località di Agrustu mentre oggi a San Teodoro sono rimasti circa 32 stazzi. Le famiglie che vivevano negli stazzi ebbero molti problemi soprattutto per le malattie e le incursioni specialmente barbariche, che non diedero tregua alla nostra isola fino agli inizi del 19° secolo, ma le incursioni non furono effettuate solo dai barbareschi ma anche da altri popoli come i Turchi e i Mori che ripristinarono paura e devastazione. Protagonista assoluto del episodio eroico è Caterina Spano dello stazzo "Caldosu" di Porto San Paolo che allora era quasi totalmente deserta, mentre oggi è in pieno boom turistico. La signora Spano una mattina stava preparandosi per fare colazione quando d'improvviso fu aggredita da quattro ombre minacciose: erano i Turchi. Però lei non si mise timore e scagliò delle mestolate di latte bollente per difendersi, cosi da quel giorno la signora Spano divenne una eroina. Nonostante le incursioni che la Gallura ebbe negli ultimi secoli gli stazzi sono tuttora in piedi grazie alla loro grande resistenza e oggi possiamo ancora vedere le caratteristiche di questi insediamenti.