Della Chiesa abbiamo il più bel ricordo nella lapide che si può leggere al di sopra del portale che immette nel chiostro, e che nel suo latino ci informa: "Nell'anno dell'Incarnazione del Signore 1165, indizione decimaterza, nel mese di aprile, io Oderisio, per grazia di Dio abate di S. Giovanni in Venere, e Suddiacono della Santa Chiesa Romana, per grazia del Signore cominciai a costruire ed edificare la Basilica di S. Giovanni in Venere". Dimensioni della lapide: circa cm. 80x50. 

L'interno della chiesa é a pianta latino-basilicale, a tre navate, e rivela  la prima importazione borgognona in Abruzzo; é nelle dimensioni di m. 42,80 per 21,60; altezza  m.17,20; altezza del presbiterio m. 13. Dodici poderosi pilastri a forma di Croce, con decorazioni varie, dividono la navata centrale (m. 9,80) dalle due laterali (m. 5,90 ciascuna). Le arcate di destra sono a tutto sesto, mentre quelle di sinistra sono a sesto acuto. Dal piano della chiesa, con 14 gradini si sale al piano del presbiterio dove sono tre altari nelle absidi, rifatti nei lavori compiutivi nel 1995 quando si rifece pure il pavimento. Anche il tetto è  stato rifatto in questi ultimi anni, ma senza toccare la parte interna con le sue incavallature visibili, mentre sul presbiterio si ha la copertura a crociera.

Nel presbiterio, a destra di chi guarda l'altare, si apre la porta della Sagrestìa, mentre anticamente a sinistra si trovava una porta  del campanile, che rovinò nel terremoto del 1627.

Nella fabbrica si riscontrano elementi romanici e gotici, anche se l'elemento gotico prevale, secondo lo stile della fine del secolo XII. Il soffitto della chiesa, originariamente a crociera, nei tanti rifacimenti è stato ridotto a capriata. Nel decorrere dei secoli sono scomparsi affreschi, pitture, sculture, quadri ed altre decorazioni.