Dal piano della chiesa scendiamo (19/20 gradini) nella cripta che si presenta ben vasta, ed alta metri 4,10. Il locale fu restaurato l'ultima volta nel 1969. Sul muro dalla parte del chiostro notiamo un monumento funebre adorno di due colonnine, ma non sappiamo per chi fu fatto (per Trasmondo II, fondatore del primo monastero?). 

Nell'affresco miriamo il Cristo con i Santi Vito e Filippo. Ma quest'ultimo dovrebbe essere il monaco Beato Filippo di Lanciano, che visse in questo monastero e che nel 1225 ci viene detto "Celebre per i suoi miracoli". In una loro scorreria i Lancianesi ne rapirono le reliquie, che poi andarono disperse, per cui non si trova nessuna menzione del suo culto nei libri e documenti che finora abbiamo potuto consultare.

Passando all'affresco centrale notiamo che la colonna poggia su una lapide con iscrizione, ed un'altra lapide, pure iscritta, ne scorgiamo, nella stessa colonna, ad una certa altezza. Nel secondo affresco vediamo sempre il Cristo Pantocratore, ma qui appare col viso severo. Se da una parte, come nel precedente, mancano le pitture, qui vediamo la Madonna, S. Michele e S. Nicola da Bari. Questo Santo era stato trasportato a Bari nel 1087, fu dato ai PP. Benedettini che ne propagarono il culto dappertutto.

Nel terzo affresco vediamo ancora il Cristo onnipotente, con S. Giovanni Battista e S. Giovanni Evangelista da una parte, ed i Santi Pietro e Paolo dall'altra. Qualche scrittore ha attribuite queste pitture a Luca da Pollutri, ma i competenti ci hanno riscontrato varie mani e tempi diversi, per cui non sono tutte del citato Pollustrese. Addossate ai muri vediamo otto semicolonne, e nel mezzo altre sei colonne, alcune delle quali si riconoscono pił antiche; qualcuno le dice del preesistente tempio di Venere, che pare si trovasse qui.Ci é stato riferito da anziani del luogo che da qui partiva un passaggio sotto il pavimento che portava alla via sotterranea, la quale giungeva a Rocca S. Giovanni: il castello-rifugio dei monaci in caso di pericolo. Come abbiamo detto, la via era stata costruita da Oderisio II, fu riparata nel 1415 dall'abate Antonio De Letto, ma dopo il terremoto del 1456 nessuno pił ne fa cenno.

La Cripta (Sec. X )