Alcuni scrittori ci riferiscono che Giustiniano I imperatore il l5 settembre del 538 (XII anno del suo impero) avrebbe dato a S. Benedetto, in vista del proprio nipote Tertullo, dato al Santo, la zona del tempio di Venere, e che il Santo ci mandò un monaco di nome Martino. Questi avrebbe cambiato il tempio pagano in chiesa cristiana, ciò che si faceva spesso in quei tempi, abbattendo tuttavia   la statua pagana. Attorno alla nuova chiesa ed ai religiosi che vi dimoravano si strinsero quei cristiani, ma i documenti nulla ci dicono al riguardo. In questa zona si trovavano il Porto di Venere, il Vico Venere ed il tempio di Venere; su questo sorse la nostra chiesa che perciò é detta S. GIOVANNI IN VENERE. Dobbiamo tuttavia tener presente che la chiesa, propriamente é dedicata alla SS.Vergine Maria ed a S. Giovanni Battista, il Precursore del Signore, che, come non accade raramente, ha preso il sopravvento col titolo.

Giustiniano