Sin dai primi mesi del 1943 sono evidenti i segni di una situazione nazionale irreversibilmente deteriorata che determina la caduta del fascismo e la firma dell'armistizio. Badoglio, capo del nuovo governo, partecipa l'evento alla Nazione l'8 novembre, con un messaggio alla radio la cui ambiguitą pone la maggior parte dei combattenti in situazioni difficili: alcuni hanno possibilitą di scelta, altri meno. Coloro che, fatti prigionieri dai tedeschi, rifiutano di continuare a combattere al loro fianco, sono deportati. Altri combattenti sbandano all'interno del paese o entrano a far parte di formazioni partigiane. Altri, ancora, compiono la scelta opposta e aderiscono alla Repubblica sociale. Immediatamente dopo l'annuncio dell'armistizio, invece,   interi reparti aerei e singoli velivoli scelgono, in osservanza delle clausole firmate, di affluire verso gli aeroporti del sud Italia per continuare la guerra a fianco degli alleati anglo-americani. Passano le linee poco pił di 200 velivoli di cui circa la metą in reali condizioni di combattere.

Tra il settembre del '43 e il maggio successivo, circa 2.000 militari dell'Aeronautica, di cui 1.200 in volo, raggiungono Lecce, Palata, Canne, Biferno e Campo Vesuvio. L'attivitą bellica dell'Aeronautica italiana sarą continua fino all'8 maggio 1945, quando, con la resa incondizionata della Germania, hanno termine anche le operazioni belliche. L'aeronautica aveva sostenuto venti mesi di operazioni in condizioni disagiate, supplendo alla scarsezza di mezzi e di macchine solo con le risorse dell'ingegno e della volontą. Alcuni dati danno la misura del valore con cui il personale ha saputo compiere fino in fondo il suo dovere. La bandiera dell'Aeronautica e quella del 4° 5° e 51° Stormo sono decorate con la medaglia d'oro al valor militare,; lo Stormo "Baltimore" e quello notturno con la medaglia d'argento per l'attivitą svolta durante la Liberazione; lo Stormo trasporto con la Croce di guerra al V.M. per lo stesso motivo; per il ciclo di guerra 1940-1943 due stormi, il 36° e il 46°, sono decorati di Medaglia d'oro al V.M.; ventinove reparti di volo ricevono in totale 30 medaglie d'argento e una di bronzo al V.M.. Alle 138 Medaglie d'oro concesse al appartenenti alla Forza Armata fino al settembre 1943, se ne aggiungono 26 per fatti d'arme compiuti nei venti mesi dopo l'8 settembre dai militari dell'Aeronautica inquadrati in reparti regolari o in formazioni partigiane; nove ricompense interalleate sono assegnate ai nostri aviatori nello stesso periodo. In cinque anni di guerra solo l'Aeronautica lascia sul campo oltre 9.000 morti e pił di 3.500 dispersi. Con questo pesante tributo di vite a una guerra durata 59 mesi, l'Aeronautica si presenta di fronte agli immensi problemi della ricostruzione con "esigue unitą", come lo definģ in un famoso ordine del giorno del 22 febbraio 1945 il generale Aymone Cat, nuovo Capo di Stato Maggiore della Forza Armata.