Quando Roma perde l'egemonia politica e commerciale il territorio agricolo regredisce e si spopola, diventando terreno di aspre battaglie come testimoniano le numerose torri di vedetta.

Per secoli la campagna diventa inospitale, usata per l'allevamento del bestiame, fino alla bonifica dell'agro romano (1870) quando il territorio viene trasformato e si realizzano i casali oggi presenti nel parco.

Testimonianza di queste presenze storiche è la 'Carta dell'Agro Romano', redatta nel 1988, che censisce tutti i beni storici, archeologici e paesistici nel territorio del Comune di Roma noti alla data di redazione.

Nel Parco di Aguzzano, le tracce del passato di epoca romana sono testimoniate dalla presenza di una villa romana di epoca imperiale posta in prossimità del Casale Nuovo.

In seguito ad alcuni scavi effettuati nel 1982, sono state portate alla luce alcune strutture in opera reticolata, alcuni ambienti termali e vani con pavimento a mosaico.