Gli Aragonesi occuparono in Sardegna per prima Villa di Chiesa; il 28 Giugno 1323 la città fu stretta d'assedio e il 7 Febbraio 1324 vi fu la resa : fu riconosciuto ai Sardi l'onore alla loro forza e alla loro volontà. Mariano IV d'Arborea nella guerra contro gli Aragonesi riuscì ad impadronirsi di Villa di Chiesa grazie all'aiuto di alcuni cittadini ma ci furono lotte e distruzioni finchè tornò a Pietro il Cerimonioso (Re di Aragona). Ci furono altre guerre con Mariano finchè giunsero alla pace con Eleonora d'Arborea e il nuovo Re Giovanni I firmato nel 1388 in realtà si riaccese il conflitto con il giudice che però finì con la battaglia di Sanluri nel 1409. I cittadini di Iglesias scelsero di essere governati da Martino l'Umano Re di Aragona, concesse il perdono totale, la conferma del Breve, la liberazione dei pagamenti per 10 anni e l'attribuzione delle cariche cittadine ai Sardi. Con Alfonso V d'Aragona furono sfruttate le miniere; ben presto esso pensò di cedere Iglesias poi Iglesias a Eleonora Carroz, contessa di Quirra nel 1436, avendogli offerto 5.750 fiorini. La città si rivelò e pagò la somma offerta al Conte di Quirra l'8 Febbraio 1450. Da allora come stemma Iglesias ebbe uno scudo sbarrato, avente nella parte superiore delle monete d'oro messe per ricordare di essersi riscattata con moneta propria. Durante questo periodo, Iglesias, godette di una indipendenza amministrativa secondo le norme del Breve, confermate dal Re Alfonso d'Aragona. Col matrimonio tra il Re Ferdinando e Isabella di Castiglia, la Spagna diventa un unico grande Regno. La vita economica di Iglesias era ostacolata da invasioni barbariche e da banditi. Nel 1583 le autorità Iglesienti denunciano l'impossibilità di governare, a causa delle continue lotte e dei problemi che affliggevano gli animi degli uomini. In questo periodo nasce il tribunale dell'inquisizione, cioè vuol dire che per ogni sospetto su una persona, egli veniva arrestato. Nel secolo XVI si arriva anche ad un altro problema, quello dell' indipendenza della diocesi di Iglesias da quella di Cagliari, dopo lunghe e mortificanti vicende, esse si conclusero nel 1763 sotto la dominazione dei Savoia, rendendosi autonoma. Iglesias era terza dopo Cagliari e Sassari per popolazione attività produttiva. I complicati movimenti della guerra di successione Spagnola, la pur breve occupazione Austriaca gravarono su tutta la vita Sarda. Nel 1700 i Savoia si videro assegnare una terra non gradita e nel 1718 nel trattato di Londra firmato all'Aia nel 1720 l'isola venne ceduta a Vittorio Amedeo II di Savoia. Tutto avvenne senza che i Sardi lo sapessero.