La civiltà egizia fu la prima grande civiltà mediterranea sorta su territorio africano. Nel frattempo (verso il 6000 circa a.C.) il clima cominciò a cambiare e a farsi progressivamente più arido, dando origine alla zona desertica del Sahara (in origine un territorio fertile, ricco di agricoltura e caccia), che costituisce ancora oggi una sorta di barriera naturale tra l'Africa settentrionale e quella centro-meridionale. Da qui può prendere avvio la distinzione tra Africa Mediterranea, che i continui contatti con gli altri popoli del Mediterraneo e dell'Asia portarono a svolgere un ruolo storico maggiore, e l'Africa Nera, a Sud del 15° di latitudine Nord, isolata e chiusa in se stessa fino a epoche molto recenti. 
 

L'Africa Mediterranea fu quindi sede dello sviluppo della civiltà egizia e dei regni di Kush (Etiopi, primo millennio a.C.). e di Axsum (metà del primo secolo d.C., altopiani etiopici settentrionali). Sono scarsissime le notizie che gli antichi scrittori ebbero degli altri popoli africani. 
Allo stato attuale delle conoscenze, gli studiosi credono di poter affermare che esistevano in Africa altri due centri di civiltà oltre all'Egitto: uno nella Nubia e nell'Etiopia e uno nell'Africa centrale. Un importante centro di civiltà agricola (civiltà di Nok) si sviluppò nel primo millennio a.C. nella Nigeria settentrionale.
 

Altra civiltà che esercitò una grande influenza nel bacino del Mediterraneo, ma anche un certo influsso sulle popolazioni dell'Africa Nera, fu quella fenicia. Quando i Romani alla metà del II secolo a.C. riuscirono a distruggere definitivamente Cartagine, furono indotti a costituire un impero territoriale in Africa per la ricchezza delle pianure tunisine (soprattutto produzione di grano); estesero poi il loro controllo sul regno della Numidia e nel I secolo a.C. finirono con l'annettere anche Egitto e Cirenaica. Il dominio romano accentuò il distacco tra Nord Africa e l'Africa a sud del Sahara, con la quale i Romani non ebbero alcun contatto. 
 
 

Nei Paesi del Nord vi fu poi la progressiva conquista araba. L'influenza della cultura e della religione musulmane si estese anche aldilà del Sahara in tutta la regione del Sudan orientale e occidentale. Quando nel 750 all'impero degli Ommiadi si sostituì quello degli Abassidi, le province africane cominciarono a staccarsi e ad avere autonomia politica. 

Si formarono regni musulmano-berberi (regno Idrisside nel Marocco settentrionale, regno di Tahert nelle regioni algerine, emirato Aghlabide in Tunisia, califfato autonomo dei Fatimidi in Egitto e poi in Palestina e Siria). Nel 1170 l'ultimo fatimita moriva, e Saladino poteva ricondurre l'Egitto alla formale sottomissione all'impero. L'Egitto fu poi conquistato dai Turchi nel 1517.
 
 

Nel Maghreb i regni indipendenti furono ben presto indeboliti e conquistati dalle tribù beduine. La civiltà berbera riuscì a sopravvivere, in forme tribali, soltanto sulle montagne della Cabilia e dell'Aurès. Mel Marocco occidentale si sviluppò la nuova iniziativa degli Almoravidi che creò un ricco impero fino alla metà del XII secolo, cercando anche di estendere la propria influenza verso il più antico degli stati sudanesi, l'impero di Ghana. Il tentativo però fallì. I grandi giorni dell'impero berbero erano ormai finiti e tutta la civiltà araba dell'Africa settentrionale entrava in un periodo di crisi che favorì le invasioni e le conquiste dei Portoghesi (Ceuta), degli Spagnoli (Orano, Beja) e dei Turchi (Algeri).