I primi insediamenti umani risalgono ad epoche molto remote, gli archeologi, fanno riferimento ad una "cultura di Bonnanaro", questa insieme ad un'altra cultura, quella del vaso campaniforme, caratterizzano la prima e la seconda età del bronzo.
Le due culture presentano delle similitudini sotto diversi aspetti.
In modo particolare alcuni punti di contatto sono stati riscontrati nell'ambito di prodotti industriali.
Alla cultura di Bonnanaro si deve la diffusione in Sardegna della pratica etnoiatrica della trapanazione cranica in vivo, pratica che le genti "campaniformi" praticavano avendola anch'essi appresa nel loro peregrinare nei vari territori europei.
Questa cultura fu importante per lo svolgersi delle future vicende nuragiche, infatti nel territorio comunale è presente un importante sito ipogeo in località Korona Moltana. La scoperta di tale sito è avvenuta nel 1889, gli ipogei sono stati scavati nella roccia calcarea, sono formati da sei celle alcune delle quali comunicanti tra loro.
L'eccezionale ritrovamento è stato caratterizzato dalla scoperta di alcuni scheletri umani accanto ai quali era presente un corredo funerario costituito da suppellettili di ceramica.
Questi importanti reperti si trovano attualmente al museo Sanna di Sassari.
Il territorio comunale è ricco di numerosi nuraghi e di Domus de Janas.
Le domus de janas o casa delle fate: è un termine che deriva dal latino e significa: casa di Diana, dea della caccia.
In sardo: pelstusos (cavità, apertura).
Questi sono considerati rispettivamente esempi dell'architettura militare e culturale della zona.
Di rilevante importanza in regione "sas turres" ci sono i resti di una "mansio", una stazione di posta di epoca romana ove si incrociavano le antiche strade per Olbia e Porto Torres.
Il villaggio di Bonnanaro nasce indicativamente intorno all'anno 1000 d.C., anticamente si chiamava "Gunar" poi trasformato in "Gunnanor"e faceva sicuramente parte della diocesi di Sorres.
I motivi della sua origine possono essere diversi ma sicuramente sono legati alla vicinanza del monastero di San Pietro di Sorres situato sul vicino colle, inoltre un suolo ricco di acque e un luogo favorevole agli scambi e riparato dai monti sono stati sicuramente elementi determinanti per l'avvenuta dei primi insediamenti umani.