La Chiesa Nuova forma parte de un vasto complejo que surgió y
se desarrolló en varias fases a partir del 1575 para acoger la obra de San Felipe Neri y
de la Congregación del Oratorio después de su muerte.Tal complejo, que comprende hoy,
además de la Iglesia, también el Oratorio Secular, la Biblioteca Vallicelliana, y el
Convento de la Congregación, surge progresivamenteen un amplio pentágono en los confines
entre el barrio Ponte y Parione. La Vallicella, de la cual la Iglesia toma su nombre,
recuerda un pequeño valle, el cual correspondía al antiguo Tarentum romano, lugar
insalubre y lleno de estaño sulfuriento en el cual los Romanos habían erigido altares a
Proserpina, teniendo el lugar como uno de los accesos a los infiernos. Aunque si el lugar
no era tenido entre los más santos de Roma, la zona, por su posición estratégica
próxima a la Vía Papal y a aquella de los Peregrinos que conducían a la Ciudad Eterna,
se desarrolló notablemente después del año mil. 
En
el siglo XVI encontramos la zona llamada del pozo blanco toda diseminada de casuchas,
altas torres y varias iglesias pequeñas, entre las cuales la primitiva Santa María en
Vallicella según algunos fundada por el Papa San Gregorio Magno en el siglo VI. En esta
iglesia se conserva la milagrosa imagen de la Vírgen, objeto de gran veneración por
parte del pueblo romano. Con la constitución de la Congregación, el Papa Gregorio XIII
en el 1575 confirió a San Felipe la antigua iglesia de la Vallicella como sede definitiva
del Oratorio. No obstante de contar con la dignidad de parroquia, la antigua iglesia se
presentaba como un modestísimo edificio que apenas respondía a las exigencias de la
religiosidad medieval y sobre el cual el correr de los siglos había producido desgaste y
daños considerables. Para adecuarla a las exigencias impuestas por el Concilio
tridentino, San Felipe no dudó en reconstruirla desde los cimientos, confiando en la
ayuda de la Providencia para recaudar el capital necesario y para realizar una obra de tal
magnitud, partiendo de los 300 escudos ofrecidos por San Carlos Borromeo, otra gran figura
de este periodo, ligado a San Felipe por una profunda admiración y devoción. El 17 de Septiembre de 1575 fué colocada, con la suntuosa liturgia tradicional, la primera piedra, por el Arzobispo de Florencia Alejandro de Medici, el futuro Papa León XI. El proyecto de la obra fué confiado a Matteo di Città de Castello y sucesivamente a Martino Lunghi el Viejo. Las labores, realizadas en varias fases, permitieron el poder inaugurar a las celebraciones la Chiesa Nuova en sus estructuras fundamentales. En esta iglesia todavía fresca de cal, San Felipe continuó su obra de dirección espiritual hasta que las fuerzas se lo permitieron desde el confesionario de su predilecta capilla de la Anunciación. El nuevo edificio reflejaba, en cada parte, el estilo y las inclinaciones del Santo, cuya simplicidad de carácter aconsejó el mantener totalmente blancas de cal la nave, y su devoción mariana sugería el dedicar a la Virgen los altares de todas las capillas, subrayando, entre otras cosas, la antigua vocación de la iglesia, que permaneció por siglos como la única dedicada a su Natividad.
Por
voluntad de San Felipe, también la antigua imágen de Santa María en Vallicella, que
debería con el tiempo convertirse en el emblema de la Congregación de los Filipenses,
fué transportada al interno de la Chiesa Nuova aún en construcción. Hoy en día ésta
icona se encuentra en el retablo del altar mayor. En 1605, después de la muerte de San
Felipe fué terminada la fachada. El desarrollo de las otras estructuras del complejo y la
decoración final de la iglesia siguieron adelante por todo el siglo sucesivo. La Iglesia
una vez completada en cada una de sus partes, se llena de las obras de los más
prestigiosos artistas del 600, desde Caravaggio hasta Rubens, de Federico Barocci a Pietro
da Cortona, y se enriquece de los oros del estuco del 700, hasta llegar a ser como hoy la
podemos admirar.