Questa assemblea della Chiesa cattolica , nel suo duplice significato di controriforma e di rinnovamento organizzativo e ascetico, ha caratterizzato il cattolicesimo moderno fino al Concilio Vaticano II. I suoi presupposti storici sono da individuare nella crisi di prestigio del Papato dei sec. XIV e XV, negli abusi diffusi, nell'incertezza dottrinale, nel disagio d'individui e gruppi rispetto a istituzioni e usanze della Chiesa. Già in quei secoli, di fronte a tale situazione ci si era richiamati al concilio, ma il momento decisivo fu quando Martin Lutero, nel 1520, si appellò ad esso come a suprema istanza per la riforma degli abusi, quale portavoce delle lamentele della nazione tedesca. Il concilio appellato doveva essere libero, cioè senza interferenze papali, cristiano, fondato quindi esclusivamente sulla Bibbia e aperto pure ai laici, e in terra tedesca, cioè fuori dall’influsso romano e italiano. Dopo numerose incomprensioni tra Carlo V e il papa Clemente VII, il pontefice accettò di convocare il concilio a Trento, ma affidò l’incarico a Paolo IIII.
Il concilio aveva quali presidenti dei cardinali il cui potere non derivava dall'assemblea ma dal pontefice: solo ad essi spettava far proposte ed erano strettamente vincolati da Roma. Il lavoro vero e proprio era compiuto da due commissioni (congregazioni): l'una di "teologi minori", esperti non vescovi e senza diritto di voto; l'altra di teologi maggiori", vescovi, con diritto di voto. Le proposte, gli schemi di decreto redatti dai teologi minori, passavano all'esame della congregazione dei prelati, che, a loro volta, li rivedevano sottoponendoli infine ai cardinali presidenti. Ne scaturiva un'approvazione definitiva, un'approvazione con riserva o una disapprovazione. Oltre ai teologi e i vescovi, erano presenti al concilio ambasciatori di re e principi, col compito di sorvegliare i lavori in vista dei loro interessi nazionali e di casata, con reciproco appoggio tra vescovi e principi. C'era inoltre un segretario che verbalizzava i dibattiti. Nel concilio si agitavano correnti e partiti con propri interessi. Nel primo periodo (1545-47), mancavano assolutamente tedeschi e francesi. Per la situazione internazionale e le diffidenze tra Carlo V e Paolo III, col motivo ufficiale di un'epidemia, la maggioranza decise il trasferimento a Bologna: contrari, i prelati di obbedienza imperiale (tedeschi, spagnoli, napoletani), che rimasero invece a Trento. Così la fase bolognese (1547-48) vide presenti solo prelati italiani con qualche francese. Con Giulio III il concilio ritornò a Trento (1551-52). Fu in questo periodo che si ebbe al concilio la presenza dei protestanti, in realtà breve e non impegnata. Dopo un decennio di guerre e diffidenze, il concilio viene riconvocato da Pio IV, sotto la presidenza di grandi nomi della cultura e della politica. Nel dicembre 1563, il concilio si chiudeva e nel gennaio 1564 i suoi decreti diventavano legge canonica. I decreti dottrinali intesero definire la dottrina di fede, eliminando l'incertezza teologica scatenata dalle posizioni di Lutero, ma anche di Zwingli, degli anabattisti, di Calvino, degli antitrinitari. Quali fonti della dottrina, furono confermate la Bibbia e la traduzione latina di S. Girolamo, la "Volgata"; sul peccato originale fu respinto il pessimismo radicale di Lutero, che negava all'uomo per sua causa qualsiasi capacità etica. Furono definiti i mezzi della giustificazione: i sacramenti nella loro natura, nelle loro peculiarità, nel loro numero, nei loro effetti, anche qui in polemica aperta con Lutero. In connessione con l'Eucarestia, fu confermata la presenza reale sotto le apparenze del pane e del vino e anche la sua celebrazione, la "messa". Riaffermata l'indulgenza contestata e la legittimità del culto dei santi; furono confermati pure l'ordine sacro e il matrimonio come sacramenti. Fu proibita la lettura della Bibbia nelle lingue nazionali, ma furono istituiti "lettori di Sacra Scrittura" nelle chiese cattedrali. Fu imposta la residenza a parroci e vescovi. Fu stabilita la creazione di seminari diocesani; vengono invalidati i matrimoni clandestini. Venne sanzionato il controllo della stampa e il principio d'un elenco
dei libri proibiti.