Quartu Sant'Elena vanta antichissime origini, sebbene vi siano pochi documenti storici in tal senso. Narra la leggenda che Iolao, eroe tebano, sbarcato nelle coste orientali della Sardegna e attratto dalla fertilità del suolo, vi si stanziasse con la sua gente, considerata dalle fonti antiche la progenie dei quartesi.

Le origini della città, come indica il toponimo, sono romane, ma la presenza dell'uomo sul territorio può farsi risalire quanto meno al neolitico medio (3750 a.C.). Questo è quanto si evince dai numerosi siti e dai reperti archeologici venuti fin'ora alla luce. Ampiamente attestata su tutto il territorio la civiltà nuragica, nonchè le tracce dell'insediamento fenicio-punico.

Successivamente al dominio romano, il centro subì diversi saccheggi da parte dei Vandali, dei Goti e dei Saraceni. Nei secoli IX e X si divise nelle tre ville di Quartu Suso, Quartu Josso e Quartu Domino, che con il tempo hanno dato origine a Quartucciu (Quartu Suso) e a Quartu (dall'unione delle borgate Quartu Domino e Quartu Josso con l'antico abitato di Cepola). Nacque così la villa di Quarto che ebbe il suo riconoscimento formale nel 1327, con regio diploma di Giacomo II d'Aragona, re del Regno di Sardegna e di Corsica.

Nel 1426, trasformata in baronia, venne concessa in feudo da Alfonso il Magnanimo ad Antonio de Sena, ma verso la fine del secolo rientrò nel patrimonio regio aragonese.

Nei secoli XVI-XVIII l'importanza di Quartu diminuì a causa delle continue incursioni barbaresche: nel 1582 la città subì l'invasione più feroce, in seguito alla quale vennero erette le quattro torri di difesa di Mortorio, Sant'Andrea, Carcangiolas e Foxi. La peste del 1652 ne falciò la popolazione al punto che, sul finir del secolo, Quartu appare agonizzante. Le sue sorti migliorarono quando fu concessa in feudo ai Pes ai primi anni del 1700.

Per la sua posizione geografica e strategica fu ancora teatro di due episodi militari molto importanti: nel 1717 l'assalto e l'occupazione delle truppe dell'Alberoni, e nel 1793 lo sbarco della flotta francese dell'ammiraglio Truguet che avrebbe voluto impossessarsi dell'isola. In questa occasione fu eretto un fortino di difesa al Margine Rosso.

Dopo il 1720, con Vittorio Amedeo II di Savoia e Carlo Emanuele III, Quartu con il suo territorio, venne riconfermato in feudo ai Pes che lo tennero fino al 1836. Con R.D. del 14 settembre 1862 a Quartu venne aggiunto il qualificativo di Sant'Elena, per distinguerla da Quarto Ligure. Durante il periodo fascista fu unificata amministrativamente al capoluogo a fini di risparmio nelle finanze pubbliche, ma riacquistò la sua indipendenza nell'immediato dopoguerra.

Nel 1958, con un decreto del Presidente della Repubblica, Giovanni Gronchi, viene eletta a rango di Città. Da allora ha continuato a crescere divenendo la terza città della Sardegna per numero di abitanti. Sotto è riportata la foto dell'attuale Palazzo Comunale.

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