L'intreccio coinvolge Thomas Anderson, un umile programmatore alle dipendenze di un'importante colosso informatico ... durante il giorno; di notte invece si trasforma in un abile quanto temuto hacker di nome Neo. Egli ha speso gran parte della sua vita alla ricerca di una risposta alla domanda che lo assilla da anni: "What is the Matrix?" (Cos'è Matrix?). Qualcosa di cui la gente non ama parlare, entità misteriosa e sconosciuta che, Neo ne è convinto, esercita un potere inimmaginabile e sinistro sulla sua esistenza. Egli è convinto che l'unico uomo in grado di rispondere alle sue domande sia Morpheus, ed il suo continuo lavoro notturno è proprio dedicato alla ricerca di questo personaggio elusivo su cui si raccontano aneddoti che hanno il sapore di leggende, considerato l'essere vivente più pericoloso che esista. Neo, Morpheus, Trinity e gli altri dovranno lottare strenuamente contro un gruppo di Agenti potenti e minacciosi per salvarsi la vita, per trovare le risposte ai propri interrogativi, per capire il proprio ruolo nel dramma di proporzioni epiche che si svolge attorno a loro, per scoprire il loro vero potere ed i loro destini. "Guns. Lots of guns." chiede Neo all'operatore Tank... Ogni mossa. ogni secondo, ogni pensiero ha un'importanza fondamentale per riuscire a liberarsi da Matrix e da quello che essa rappresenta.
	Personaggio scuro ed elusivo , Morpheus rimane impresso per le sue ambigue espressioni, per il suo tono di voce... risponde agli interrogativi di Neo con frasi ancora più misteriose: - "Have you ever had a dream, Neo, that you were so sure was real? What if you were unable to wake up from that dream? How would you know the difference between the dream world and the real world? - "Quello che ti sto offrendo è solo la verità, niente di più!" - "Unfortunately, no one can be told what the Matrix is... you have to see it for yourself!" Morpheus, il capo della banda di hacker alla continua ricerca dell'Eletto in grado di liberare l'umanità dalla schiavitù delle macchine, non poteva che essere un personaggio austero ed imponente, nonché un uomo con sguardo profondo e messianico.
	Scegliere l'interprete di Trinity è stato alquanto impegnativo. La donna del gruppo di rinnegati seguaci di Morpheus ha un carattere forte, mette tutta se stessa nella causa in cui crede e nello stesso tempo è emotivamente vulnerabile nei confronti di Neo e di quello che il ragazzo può rappresentare per il loro futuro.
	Cypher, personaggio misterioso e dalla complessa personalità, potrebbe essere visto come un semplice "traditore", mentre invece lui stesso si definisce diversamente: «Sono solo un "messaggero", Trinity... ed ora te lo dimostrerò». Questo perché egli ha già assistito più volte all'inutile, quanto fatale, liberazione di altri presunti "Eletti", e che invece sono morti in Matrix... Cypher è stanco di questa guerra che sembra non avere scopo, non avere termine, ed è proprio per questo che nella scena iniziale, durante la conversazione telefonica con Trinity, dice: «We're going to kill him, do you understand that, Trinity?»...