Il Seminario Arcivescovile di Cagliari è istituito con decreto di Mons. Francesco Perez il 9 dicembre 1576. La prima sede era sita nei locali attigui alla Cattedrale in vico Duomo I. Questo edificio non poteva però essere la soluzione definitiva per diversi motivi si pensò quindi alla costruzione di un nuovo seminario,. Cercò di risolvere questo problema, l'Arcivescovo Giuseppe Agostino Delbecchi, con non poche difficoltà, alla fine riuscì a farsi approvare il progetto, iniziarono i lavori , ma il Delbecchi non poté vedere l'opera ultimata.
La nuova sede fu inaugurata il 10 maggio 1778 dal Vicario Capitolare Mons. Francesco Corongiu, nella via Università. Molti generazioni di sacerdoti furono formati in questa struttura infatti solo nel 1956 la si abbandonò . L'intera struttura fu venduta all’Università cittadina.
Il Nuovo Seminario, quello attuale, iniziò a concretizzarsi per la volontà e l'opera dell'Arcivescovo Paolo Botto (1949 - 1969), il quale fin dall'inizio del suo episcopato in diocesi. Ceduto il Seminario all'Università degli Studi, il ricavato, assieme ai primi fondi ottenuti con una sottoscrizione tra il clero, venne adoperato per acquistare dai fratelli Portoghese un terreno di 7 ettari e mezzo sul colle S. Michele. Era L'anno 1954.
Mons. Botto
Seminario attuale (1960) 
Il 30 Aprile 1956 il Card. Valerio Valeri, Prefetto della Sacra Congregazione per i Religiosi, procedette alla benedizione e alla posa della prima pietra. L'opera verrà eseguita dall'ingegnere Carlo Alberto Pellegrino Bettolo e dagli impresari Luigi Fadda e Paolo Boero.
Il 4 Novembre 1959 i Seminaristi furono trasferiti nel nuovo Seminario e il 30 aprile si procedette all'inaugurazione dell'edificio con la partecipazione del Card. Alfredo Ottaviani.
I Seminaristi diocesani erano man mano accresciuti di numero, tant'è che in quell'anno raggiunsero le 289 unità.
Il 29 Aprile dello stesso anno fu inaugurata e consacrata la cappella. Alcuni anni dopo il 21 Maggio 1964 ci fu l'inaugurazione di una nuova ala del Seminario e la benedizione dell'artistico mosaico della cappella raffigurante la Madonna orante nel cenacolo mentre invoca sugli Apostoli lo Spirito Santo.
Cappella
Rettori dal 1959 ad oggi
Mons. Giovanni Cogoni ( ora Vescovo emerito di Iglesias)
Mons. Piergiuliano Tiddia ( ora Arcivescovo di Oristano)
Don Giovanni Cara
Mons. Dante Usai
Mons. Mosè Marcia
Mons. Salvatore Ruggiu
Mons. Giovanni Ligas
Mons. Luciano Ligas
La nostra casa
Seminario - ingresso e cappella
Cappella maggiore Cappella medie superiori
Statua dell'Immacolata nostra patrona
Giardino centrale
Crocifisso (cappella medie) Mosaico (cappella maggiore)
