Nel corso dei millenni, le Ande peruviane sono state popolate da numerose specie animali. Ai tempi degli Incas ognuna di queste specie era in qualche modo protetta; c'erano di quando in quando dei periodi dedicati alla caccia, che però veniva praticata esclusivamente da membri della casta al potere. Dopo la conquista spagnola e il sovvertimento delle infrastrutture inca, gli animali selvatici vennero decimati da una caccia indiscriminata e dal disboscamento delle zone andine, che distrusse l'habitat di molti di essi. Oggi la persecuzione della fauna selvatica continua, talvolta a causa dei danni provocati dagli animali ai raccolti, ma più spesso per ignoranza. Un attento osservatore può comunque trovare ancora molte specie di animali peruviani visitando le Ande. Gli animali più diffusi nelle Ande peruviane appartengono alla famiglia dei camelidi. I camelidi selvatici peruviani sono due, la vigogna e il guanaco. La vigogna, la cui lana è ritenuta la migliore del mondo, è stata salvata dall’estinzione mediante l'istituzione di zone protette che ne ospitano la specie. Le vigogne sono ormai diffuse in molte zone, ma la loro sopravvivenza è ancora in pericolo. Ai tempi degli Incas, la lana di vigogna si otteneva catturando l'animale e strappandone a mano la pelliccia, per poi lasciarlo libero. Questo sistema consentiva non solo di assicurarsi una certa quantità di lana ogni anno, ma anche di permettere alla specie di riprodursi. La caccia abusiva è la causa primaria dell'estinzione della vigogna; i bracconieri sono però difficilmente perseguibili, poiché i proprietari di armi sono di solito persone influenti o che godono di immunità. Fortunatamente, in seguito alle iniziative intraprese per la sua conservazione, che hanno visto la stipulazione di particolari accordi, la vigogna sta ritornando a diffondersi sugli altipiani. L'altro camelide selvatico delle Ande, il guanaco, vive in un'area compresa fra gli altipiani centrali del Perù e l'estremità meridionale del continente sudamericano, la Terra del Fuoco, lungo la Cordigliera delle Ande. In Perù, il guanaco è più diffuso nei dipartimenti di Taena, Moquegua, Arequipa e Puno, nei precipizi rocciosi ricchi di erba. I guanaco sono i cugini selvatici dei lama e degli alpaca, ma si distinguono dai loro parenti addomesticati per la brillante sfumatura rossiccia delle loro pellicce marroni, simili a quelle della vigogna. La relazione fra le quattro specie non è chiara; sono stati effettuati incroci di ogni tipo fra i lama, gli alpaca, i guanaco e le vigogne, e tutti gli animali ottenuti sono risultati fertili. Gli esperti di tassonomia sono oggi d'accordo nell'affermare che le due specie domestiche sono il risultato di incroci fra i guanaco e le vigogne. Comunque sia, il lama e l'alpaca sono diffusi su tutti gli altipiani del Perú. L'unico nemico naturale dei camelidi è il puma o coguaro, un felino dalla pelliccia di color marrone fulvo, riverito dagli Incas come simbolo di potere ed eleganza. Purtroppo, dopo la Conquista, l'uomo delle Ande ha perso l'attitudine alla conservazione che aveva ereditato dai suoi antenati e il puma è stato fatto oggetto di una caccia indiscriminata. La sua abitudine di aggredire i lama più incauti non lo rende molto simpatico alle popolazioni.

Il paesaggio del versante orientale delle Ande è dominato dalla foresta umida e temperata. Nelle zone lasciate intatte dall'uomo, la giungla va da un'altitudine di 3.600 metri alla foresta alluvionale del bacino amazzonico; oltre i 2.500 metri viene chiamata "foresta pluviale", poiché per la maggior parte dell'anno resta avviluppata in una fitta foschia. La foresta pluviale arriva fino a 3.400 metri, trasformandosi gradualmente in un territorio di erbe alte, e ospita vari animali esotici che non si dimenticano facilmente. L'orso con gli occhiali è forse l'esemplare più impressionante di tutta la zona. Le sue dimensioni corrispondono circa a quelle dell'orso nero nordamericano; è un vero onnivoro, che si nutre di una vasta gamma di alimenti: frutti e bacche di ogni tipo, grossi insetti, piante carnose e, alle altitudini più elevate, dei rigogliosi cuori delle piante appartenenti alla famiglia delle bromeliacee. L'orso con gli occhiali si nutre inoltre di piccoli mammiferi e roditori, pur non essendo un predatore. L'animale riveste un ruolo importante all'interno del folclore andino, ma gode di una pessima reputazione presso i piccoli coltivatori, a causa della sua abitudine di depredare i raccolti di mais delle zone collinari vicine alla foresta e di aggredire le greggi, causando gravi danni economici. Per questi motivi, e a volte attribuendogli colpe non sue, i contadini stanno uccidendo gli orsi, mettendo in pericolo l'esistenza della sua specie. Le Ande non ospitano solo mammiferi; nel Perù sudorientale c’è la più alta concentrazione al mondo di specie diverse d'uccelli. La maggioranza di queste specie vive nella foresta pluviale e nelle foreste alluvionali delle pianure del versante orientale delle Ande, ma se ne trovano molte anche nelle zone innevate. Quando si parla degli uccelli del Perù, si pensa subito al gigantesco condor delle Ande, un animale appartenente alla famiglia degli avvoltoi che si nutre dei cadaveri delle vittime dei predatori, ma che non disdegna di quando in quando un pasto un po' più fresco. Il condor non è un cacciatore e non è in grado di afferrare e trasportare delle prede con i suoi artigli simili a quelli di un pollo. La vista di un condor che, senza alcuno sforzo apparente, vola sempre più in alto, con le cime innevate delle Ande sullo sfondo, è indimenticabile. Il rapace si incontra abbastanza facilmente nelle zone montane, dove abbondano anche gli uccelli canori, di dimensioni più piccole: i fringuelli della Sierra, le cince e i beccaccini. Quando si raggiunge il limite della foresta pluviale, il numero delle specie aumenta vertiginosamente e gli uccelli assumono colori più vivaci.