E’ l'Agenzia autonoma per la gestione dell'albo dei segretari comunali titolare del rapporto di lavoro con i segretari comunali.

La versione definitiva della direttiva della funzione pubblica ai fini del Ccnl (si veda Italia Oggi del 28/3/2000) chiarisce uno degli aspetti più controversi della riforma dello status dei segretari, relativamente appunto alla titolarità del rapporto di lavoro.

Per identificare il rapporto dei segretari alcuni interpreti hanno fatto riferimento a modelli organizzativi quali il comando, figura che trasferirebbe la titolarità della gestione del rapporto in capo al sindaco. Altri hanno messo in luce come il rapporto dì servizio intercorresse con l'Agenzia, quello organico col sindaco a seguito della nomina. La situazione d'incertezza rispetto a questo tema è ben testimoniata da una serie di contraddittorie pronunce dei giudici ordinari e amministrativi, i quali hanno di volta in volta ritenuto insussistente la propria rispettiva giurisdizione in merito alle vertenze proposte dai segretari comunali relativamente al proprio rapporto di lavoro.

Specificando che l'Agenzia rimane titolare del rapporto di lavoro dei segretari, la direttiva mette in risalto correttamente che il contratto di lavoro intercorre tra l'Agenzia medesima e il segretario.

Il sindaco, tuttavia, o l'altro ente presso il quale il segretario possa essere impiegato, può influire nella gestione del rapporto di lavoro.

Appare corretta, allora, la valutazione dei giudici ragusani (si veda articolo a lato) (la sentenza è pubblicata nel sito, nell’area Contenzioso ndr) dell'esistenza della fattispecie del litisconsorzio necessario nelle vertenze di lavoro interessanti i segretari, visto che le decisioni dei primi cittadini possono incidere sul rapporto d'impiego dei segretari con l'Agenzia. La revoca o gli altri atti che possano determinare la messa in disponibilità del segretario, infatti, modificano direttamente il suo status giuridico, ed economico.