La  fontana del Nettuno è stata realizzata da fra' Giovanni Angelo da Montorsoli nel 1557 su commissione del Senato di Messina e in stretta collaborazione con il grande umanista e matematico locale Francesco Maurolico .Il  Dio (il cui originale si trova nel museo insieme a Scilla ) sorge calmo e invincibile con, una mano, il terribile tridente che scuote la terra; le mostruose Scilla e Cariddi incatenate ai suoi piedi, lanciano frattanto urla bestiali. La fontana, che nella collocazione cinquecentesca si trovava a pochi passi dal mare e con Nettuno rivolto verso la città, doveva essere ammirata con lo sfondo azzurro del porto, come se i personaggi raffigurati fossero appena sorti dalle acque e con il gesto di possesso di Nettuno riferito alla città.

Opera dell'architetto Carlo Falconieri,eretta per i festeggiamenti secolari della Madonna della Lettera nel 1842, fu ricomposta, dopo un lungo periodo di deposito in Museo. Un tempo stava al centro di piazza F.Juvara , e difatti concepita per essere osservata girandovi intorno e per adattarsi alla forma della piazza. rimane uno degli esempi superstiti del talento dell'architetto Falconieri, autore pure di una incantevole villa di stile gotico (Villa Landi) tra il viale R.Margherita e il viale Boccetta. I mostri marini in ferro agli spigoli della fontana, furono posti solo quattro anni dopo la sua realizzazione.

  Anche la fontana di Orione è stata realizzata dal Montorsoli , essa è in realtà una "mostra d'acqua "dell'acquedotto progettato pochi anni prima da Francesco La Cameola e celebra, infatti, tra le personificazioni dei fiumi (il Nilo, l'Ebro, il Tevere) anche il piccolo fiume Camaro, le cui acque, convogliate nell'acquedotto, alimentano la fontana. Lo storico dell'arte B:Berenson definiva la fontana "la più bella del cinquecento europeo". ed effettivamente il Montorsoli seppe creare qui il suo capolavoro di preziosa maestria. L'eroe Orione , vestito con le armi di Messina,svetta in cima alla composizione scultorea ed è esaltato come mitico fondatore della città e dispensatore di acque salutari. sulla balaustra della grande vasca principale, si dispiegano diverse scene di miti antichi relativi all'acqua e significative immagini che qualificano l'ambito storico e mitologico dei quattro fiumi presenti sotto forma di divinità fluviali.