l Museo sorge nell'area archeologica dell'antica Gnathia, di cui vennero ritrovati, durante gli scavi del 1970, i resti di una imponente basilica civile il cui primo impianto edilizio risale al I sec. a.C. Nella stessa zona ci sono anche i resti del cosiddetto Anfiteatro. Si tratta, più che altro, di un recinto con un ingresso maggiore e uno secondario su ciascuno dei lati lunghi. Anfiteatro Raffigurazione delle tre Grazie All'interno dei resti della basilica fu riportato alla luce, nel 1977 un mosaico pavimentale raffigurante le Tre Grazie unico documento musivo figurato finora conosciuto ad Egnazia, il soggetto del mosaico è mitologico ed era ampiamente diffuso nelle arti figurative di età romana. La grazia centrale è rappresentata di spalle mentre, con le braccia distese, cinge le spalle di quelle laterali rese di prospetto, ciascuna con un fiore tenuto tra le dita. Il mosaico pavimentale delle Tre Grazie, asportato dal luogo del ritrovamento, è conservato nel Museo Archeologico Nazionale di Egnazia. Interno di una tomba messapica. (IV-II sec. a.C.) Ma la più antica presenza umana nella zona risale alla tarda età del bronzo (XV-XII sec. a.C.), epoca di cui sono conservati reperti ceramici, bronzei, lapidei. Nell'interno della cerchia muraria dell'antica Gnathia, furono scoperti, nel secolo scorso, ricchi corredi funerari provenienti da tombe messapiche, in particolare, vasi caratterizzati da decorazioni sovraddipinte in bianco, giallo e rosso su vernice nera e da motivi di prevalente ispirazione vegetale. Tali vasi, in realtà prodotti in vari centri della Puglia tra la metà del IV sec. a.C. e i primi decenni del successivo, vengono definiti - ormai internazionalmente - ceramica di Egnazia.