La Chiesa è stata rifatta 4 volte. Una prima chiesetta, costruita fuori le mure di Misilmeri, in aperta campagna, sulla Via Consolare, portava il nome di Madonna del Fiume, dal retrostante “Vallone”. Una seconda Chiesa vi fu costruita nel 1707, dedicata a S. Gaetano da Thiene, a spese del dottore Nicolò Scodelli, palermitano residente a Misilmeri. Una terza Chiesa pure dedicata a S. Gaetano fu costruita nel 1783 a spese di Emanuele Bonanno-Filangeri Duca di Misilmeri, per venire incontro al fabbisogno della popolazione di quel quartier, che andava sempre aumentando.Una quarta Chiesa anch’essa dedicata a S. Gaetano vi fu costruita nel 1953.La Chiesa è relativamente piccola per il fabbisogno di quel rione, basti contare la sua capacità che si aggira ai 150 posti Nello stesso anno 1953 la Chiesa di S. Gaetano, da Vicaria Curata che era nel 1925 venne elevata a Parrocchia. È il suo primo Vicario Curato fu il Sac. Rosario Passantino, ed il suo primo Parroco il Sac. Giuseppe Di Martino.Era di Diritto Patronato della Famiglia Andò-Grifo in Porcelli di Palermo, che nel 1820 vi rinunziò a favore dei Padri Carmelitani del Convento di Gibilrossa, che vi crearono un piccolo Convento. Soppressi nel 1866 dal Governo Italiano agli Ordini Religiosi, il Municipio di Misilmeri se ne impossessò, adibendo il Convento annesso ad Ospizio dei poveri Il Cappellano di S. Gaetano veniva nominato dal Sindaco e pagato dal Municipio per celebrare la Messa Festiva, per il bene della popolazione di quel quartiere. Il Convento fu, in momenti difficili, come nel 1866, occupato anche dai soldati che l’adibirono a foreria. Nel 1889 per poco tempo vi si istallò anche un Orfanotrofio del Boccone del Povero di P. Giacomo Cusmano. Nel 1871 il miracoloso Crocifisso ligneo della Chiesa di Gibilrossa passò nella Chiesa di S. Gaetano, nel 1872 si realizzò la bellissima Statua della Madonna del Mese di Maggio pure in legno, opera dello scultore palermitano Vincenzo Genovese. Per meglio coltivare il culto al SS.mo Crocifisso nel 1923 vi fu fondata la Congregazione omonima del SS.mo Crocifisso, che ogni anno festeggia anche con la processione. Nel 1939 vi fu fondata anche l’altra Congregazione Femminile della Madonna del Carmine, che pure festeggia ogni anno, portando in processione la nuova ed artistica Statua lignea della Madonna, solennemente incoronata dal Card. Salvatore Pappalardo nel 1971.