Negli anni successivi queste motivazioni furono sostituite da altre, più raffinate, che muovevano da un diverso modo di intendere il concetto di "tagli alle emissioni inquinanti". Secondo USA, Giappone, Canada, Australia e Russia, infatti, nel concetto di riduzione di emissioni inquinanti dovevano essere ricompresi anche i cosiddetti "meccanismi di flessibilità", mentre a tale equiparazione era invece contraria l'Unione Europea, vediamo in particolare di cosa di tratta. Il primo ed il principale di questi controversi "meccanismi di flessibilità" consisteva nel cosiddetto "commercio delle quote di emissione". Questo meccanismo, previsto dallo stesso Protocollo di Kyoto, disponeva che i paesi i quali avessero ridotto le proprie emissioni ancor più di quanto richiesto, avrebbero potuto rivendere le quote eccedenti ad altri paesi che si sarebbero trovati quindi ad acquistare una sorta di "permessi ad inquinare". La portata di questo meccanismo apparve in tutta la sua evidenza nell'Europa dell'est dove, a causa della forte recessione economica, vennero chiuse moltissime industrie altamente inquinanti, consentendo di conseguenza all'Europa di raggiungere, quasi senza sforzo, gli obiettivi prefissati nel Protocollo di Kyoto.

L'Unione Europea, pur non essendo contraria per principio al commercio delle quote, interpretava invece questo meccanismo come una procedura complementare e non sostitutiva della riduzione delle emissioni inquinanti, di conseguenza chiese che fosse fissato un tetto per le emissioni commerciabili.
Un secondo controverso criterio di interpretazione dei tagli alle emissioni inquinanti derivava da una contrastante valutazione delle cosiddette "aree di compensazione", anch'esse previste dal Protocollo di Kyoto, sulla base di tale previsione i paesi che avessero attuato processi di forestazione, riforestazione e migliore uso del territorio, avrebbero potuto ricevere in cambio "crediti" da aggiungere alle proprie quote di emissione.

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nuovi orizzonti ambientali

I governi di tali paesi a sostegno delle loro ragioni addussero inizialmente motivazioni piuttosto grossolane secondo le quali, se le misure di Kyoto venissero applicate ai paesi industrializzati, molte industrie emigrerebbero verso i paesi in via di sviluppo dove la manodopera costa meno ed è ancora possibile inquinare.