Episodio 45 - WarGreymon contro MetalGarurumon 

Matt e Tai inizieranno a litigare. Matt non riuscirà a capire come abbiano fatto gli altri a diventare bambini prescelti, e vorrà andarsene. War Greymon e MetalGarurumon inizieranno a combattere così come i loro compagni. Anche gli altri ragazzi con i loro Digimon inizieranno a litigare. Puppetmon inizierà a ridere perché questo era il suo programma, ma improvvisamente un'entità amichevole entrerà nel corpo di Kari e i ragazzi con i loro Digimon inizieranno a volare . Kari (l'entità) inizierà a spiegare ai ragazzi che ogni Digimedaglione rappresenta la qualità migliore di ogni bambino. Al termine della storia, Kari ritornerà nel suo corpo, mentre Matt deciderà di rimanere solo; Mimi vorrà fermarsi e non proseguire con il gruppo;  insieme a lei rimarrà Joe, mentre gli altri seguiranno per la propria via.

Episodio 46 - La vendetta di Etemon

Ogremon verrà inseguito da una tribù di Woodmon intenti a rubarli l'energia; improvvisamente la caduta di una meteora farà scappare i Woodmon. Joe e Mimi troveranno Ogremon gravemente ferito e lo aiuteranno a riprendersi, così il "malvagio" Digimon toccato dalla loro disponibilità, li diverrà amico. Mentre gli altri  ragazzi esploreranno il palazzo di Puppetmon, quest'ultimo troverà Joe e Mimi. Improvvisamente  apparirà Etemon e i due inizieranno a battersi. Tai e gli altri incontreranno nel castello le guardie di Puppetmon che odiano il proprio padrone, così Tai riuscirà a convincerli ad attaccarlo con il cannone. Ogremon confesserà a Mimi e Joe la sua volontà di distruggere Leomon, mentre i ragazzi scovati da MetalEtemon verranno inseguiti nella giungla dove una creatura somigliante a Leomon apparirà all'improvviso.  

Episodio 47 - Addio Leomon

Mimi e Joe incontreranno SaberLeomon il quale li condurrà in un nascondiglio sicuro insieme ad Ogremon. Li i ragazzi incontreranno Otamamon e Gekomo. Puppetmon si scontrerà con i ragazzi spingendoli verso i RedVegiemon i quali verranno sconfitti. Puppetmon arrabbiato si scaglierà contro i ragazzi; intanto MetalEtemon si confronterà con Leomon il quale sarà costretto a trasformarsi in SaberLeomon. Ikkakumon digevoluto in Zudomon arriverà in suo aiuto. Puppetmon proverà ad arruolare MetalGarurumon nel suo esercito, ma il Digimon di Matt si rifiuterà e distruggerà il Dark Masters. Sul punto di morte Leomon chiederà a Mimi di non piangere, perché si potranno rincontrare nel suo villaggio della Rinascita, il quale nel frattempo è stato distrutto. Ogremon, Mimi e Joe li prometteranno di distruggere i Dark Masters e di ricostruire il villaggio.

Episodio 48 - Kari in pericolo

Mentre Tai e gli altri attraverseranno il deserto, Kari verrà colpita da un malore. Tai si mostrerà molto preoccupato poiché alcuni anni prima a causa della sua negligenza, la sorella aveva rischiato la vita. Kabuterimon li condurrà in una città deserta, dove Kari potrà riposarsi; intanto Tai partirà alla ricerca della cura che permetterà alla sorella di star meglio, ma grazie ad Internet, Izzy riuscirà a trovare la giusta medicina, ma involontariamente condurrà verso di loro Machinedramon. Izzy riuscirà a depistare il nemico, permettendo così a lui e a Tai di fuggire. Riusciranno appena in tempo a ricongiungersi con gli altri prima che il loro rifugio venga distrutto da una serie di missili. Improvvisamente apparirà Machinedramon; costringendo i bambini a rifugiarsi in un edificio il quale sarà distrutto dai  suoi colpi.

Episodio 49 - La fine di Machinedramon

I ragazzi cadranno nelle fogne al disotto della città di Machinedramon. Sora, Biyomon e Patamon riusciranno a trovare Kari, T.K. e Gatomon. Izzy, Tai e i loro Digimon, saranno ancora dispersi. Cosi Kari e gli altri partiranno alla loro ricerca, ma si imbatteranno in WaruMonzaemon il quale ha reso schiavi i Numeron. Una strana luce emergerà dal Digimedaglione di Kari permettendo ai Digimon di diventare più forti e di oltrepassare il nemico, permettendo così ai Numeron di ritornare liberi. I ragazzi decideranno di continuare a seguire la luce di Kari sperando di ritrovare Tai ed Izzy. Machinedramon infuriato distruggerà WaruMonzaemon e si abbatterà contro i ragazzi nel frattempo ricongiunti. La luce di Kari permetterà a WarGreymon di sconfiggere il penultimo Dark Masters.