Stromboli è la più settentrionale delle isole dell'arcipelago eoliano. L'isola ha un'area di 12.6 km², la maggior parte dei quali costruiti dal vulcano. L'area sommitale del vulcano è particolarmente complessa. È costituita da due creste subconcentriche a forma di mezzaluna: la più esterna e ampia è chiamata  Serra I Vancori, mentre la più interna culminante in una piccola piattaforma è conosciuta come  Pizzo sopra la Fossa. Entrambe le creste sono ciò che resta di antichi edifici vulcanici. L' erosione ha scavato profonde gole  lungo il declivio di questi vecchi edifici, e un ampia scarpata coperta da cenere dell'attività recente si estende dall'area sommitale al mare nella parte Sud-Est dell'isola. 
Una depressione che si trova tra Pizzo sopra la Fossa e Vancori è nota come la "Fossetta" nella sua parte più occidentale, mentre il suo lato NE è chiamato  Piano delle Croci.
I crateri attivi non si trovano alla sommità ma a circa 100-150 m sotto Pizzo sopra la Fossa all'interno di una depressione formatasi in seguito al collasso di una parte dell'edificio vulcanico 5000 anni fa. Sono tre i crateri attualmente attivi e il loro insieme viene comunemente definito "terrazzo", una struttura costantemente in cambiamento e in graduale crescita verso l'alto. Le colate laviche si incanalano in una larga conca scoscesa verso il mare chiamata Sciara del Fuoco. Stromboli è uno dei pochi vulcani sulla Terra che ha un’attività eruttiva continua con periodi di pochi giorni o decadi. La sua persistente attività si protrae da almeno 5000 anni. L’edificio vulcanico, nato circa 200.000 anni fa, emerge di 924 metri sul livello del mare e si estende per 1500 metri al di sotto di esso. La zona craterica è formata da tre coni attivi.  La persistenza dell’attività implica una camera magmatica di grandi dimensioni alimentata con continuità e consiste principalmente in esplosioni di moderata energia  con lancio di getti di gas e magma incandescente a 100-200 metri di altezza. Le esplosioni durano fino a 10 secondi e si ripetono a intervalli di 10-20 minuti circa. Circa 200.000 anni fa, Stromboli non era ancora emerso dal fondo del mare. A quel tempo era però attivo un altro vulcano, del quale ciò che oggi rimane è lo scoglio di Strombolicchio composto da basalti andesitici. Stromboli cominciò ad emergere dal mare circa 160.000 anni fa nella parte meridionale dell'attuale isola mentre Strombolicchio subiva l'erosione. Colate di lava e depositi piroclastici cominciarono a costruire uno stratovulcano. Il centro eruttivo si spostò poi lentamente verso Nordovest e i suoi prodotti (lava e piroclasti) costruirono un cono che si ergeva fino a 700 m sul livello del mare.  

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