Oltre all'attuale abitato di Sestu, esistevano nel passato altri insediamenti, abitati nella preistoria, nell'età romana e nel medioevo. Alcuni di questi villaggi furono popolati fino ai secoli XV e XVI. È possibile che gli abitanti si siano trasferiti a Sestu e i centri minori siano stati abbandonati a causa di guerre, pestilenze, carestia, o per sfuggire alla malaria.

Degli antichi villaggi spesso rimasero in piedi solo le chiese, alcune delle quali oggi ci appaiono come edifici isolati nelle campagne; in altri casi, anche le chiese furono distrutte dall'incuria e dai saccheggi.

Un esempio di costruzione appartenente ad un antico villaggio è la chiesa di S. Gemiliano, conservatasi grazie al culto del santo e alla cura del luogo in occasione della festa. Assieme alla chiesa di S. Michele apparteneva al villaggio di Sussua o Susua, compreso nella curatoria di Dolia, ma dipendente dal vescovo di Cagliari.

Nei documenti medievali compare un altro centro abitato, Siurro o Seurru, il cui nome si pensa derivi da San Saturno (Santu Sadurru), cui era dedicata una chiesa del luogo; nel sito sono stati rinvenuti i resti di un villaggio eneolitico ma anche frammenti di embrici, forse di età romana. Nel XIV secolo il villaggio di Seurru doveva avere tra i 40 e i 50 abitanti; apparteneva, come Sestu, alla curatoria del Campidano e alla diocesi di Cagliari e scomparve nel XV secolo.

Dai documenti medievali apprendiamo l'esistenza del villaggio di Nuracada, ubicato tra Sestu e Serdiana, appartenente alla curatoria e alla diocesi di Dolia, già disabitato nel 1544.

Da altre località provengono reperti che testimoniano la presenza umana del passato: a Piscina Matzeu - Su Bisconti, non distante dai confini con il territorio di Assemini sono stati rinvenuti alcuni massi calcarei e cippi funerari. Il nome Su Bisconti dato alla zona deriva dai visconti Arquer, cui i terreni appartennero. Anche la zona di Su pardu, vicina alla scuola media, ha restituito reperti ceramici, di bronzo e di ferro attribuiti all'età romana, ma anche resti di sepolture; non sappiamo fino a quale epoca fu presente un insediamento in questa località, il cui nome deriva dalla sua destinazione a pascolo collettivo del bestiame da lavoro.