Il metodo scientifico è basato sulla logica, sui fatti, sul consenso, sulla ricerca di una spiegazione. Tra le varie scuole di pensiero in proposito, qui viene privilegiata quella che crede nell'esistenza di un forte nesso tra teoria della democrazia e teoria della scienza, tutte e due basate su concetti comuni come quelli di fallibilità e di confronto. Come nella democrazia è la comunità dei cittadini che decide l'accettabilità o meno di una proposta politica, allo stesso modo nella comunità degli scienziati è la comunità scientifica che decide sulla accettabilità o meno di una disciplina, di una spiegazione, di un'argomentazione. Come nella democrazia nessuna politica è valida per sempre, allo stesso modo nella comunità degli scienziati nessuna scoperta scientifica è valida per sempre; come nella democrazia c'è un diritto e un dovere di critica, perché soltanto in questo modo il miglioramento è possibile, allo stesso modo nella comunità scientifica c'è un diritto e un dovere di critica nei confronti degli altri scienziati, perché soltanto in questo modo il miglioramento è possibile; e così via. Credenze comuni nella fallibilità umana, nella possibilità di un miglioramento, nella necessità della prova e del confronto, sono alla base della scienza, della democrazia, della convivenza civile.

   In una prospettiva unitaria hanno relativa importanza molte contrapposizioni specialistiche. Ad esempio, da questo punto di vista anche la distinzione tra scienze nomologiche e idiografiche non è particolarmente rilevante. Contro la pretesa specificità individualizzante delle scienze umane rispetto alle scienze naturali era stato già sostenuto che questa specificità non esiste, perché tutte le scienze fanno sia uso di conoscenze nomotetiche sia di riferimenti alla spiegazione di fatti particolari; ad esempio, dice Hempel (in Aspects of scientific Explanation, The Free Press, New York 1965, p. 173), <<la spiegazione del capitalismo occidentale nella sua unicità è strettamente analoga alla spiegazione dell'eclissi di sole del 18 marzo 1950>>. Sia nelle scienze umane sia nelle scienze naturali esistono avvenimenti unici e leggi generali.

   In tutte le scienze, premesse nomologico-probabilistiche permettono di formulare soltanto asserzioni che prevedono eccezioni: ogni indagine dovrebbe essere rivolta alla costruzione di una gerarchia dei fattori causali particolarmente rilevanti per quel caso specifico e in una costellazione irripetibile. Nella ricostruzione dello studioso, ad ogni fattore causale viene assegnato un peso specifico, nella consapevolezza che gli stessi fattori causali possono combinarsi in maniera diversa in altri contesti analitici.

   Ad esempio, nella sua equilibrata discussione del rapporto esistente tra povertà e criminalità, Mannheim sostiene che sia la povertà sia la ricchezza possono portare al delitto; le differenze motivazionali della criminalità (infatti, esistono forme di criminalità che hanno molto a che fare o niente, con la povertà o la ricchezza), non debbono indurre ad accuse di scarsa coerenza teorica, perchè altrimenti si <<dovrebbe accusare di confusione concettuale un cardiologo, quando sostiene che le malattie del cuore possono avere origine sia da eccessivi sforzi fisici che da inattività; o un'economista quando afferma che lo stesso effetto economico -cioè l'accumulazione di un certo capitale- può essere realizzato sia guadagnando di più che spendendo di meno. Cause diverse, o persino opposte, possono avere lo stesso effetto, sebbene, naturalmente, il meccanismo causale avrà seguito una strada diversa>>.

   Insomma, il fondamento comune di tutte le scienze è la logica dell'indagine. La mancanza di contrapposizione tra analisi idiografica e analisi nomotetica è diventata senso comune, ospitato nei manuali come un assioma che deve essere dato per scontato da ogni ricercatore: <<non esiste una gerarchia delle cause del cambiamento sociale che sia universalmente applicabile. Ma questo non significa che non ci sia, in ogni situazione concreta, una gerarchia di cause, cioé uno o più fattori dominanti o uno o più agenti privilegiati. Anzi è una specie di assioma della ricerca sociologica che si debba supporre l'esistenza di tale gerarchia>>.

   Le varie polemiche specialistiche non mutano questa impostazione di fondo. Prendiamo ad esempio la contrapposizione tra spiegazione condizionale e spiegazione causale. Sulla base di ragionamenti almeno in parte ispirati alle conclusioni della meccanica quantistica è stato sostenuto che <<sarebbe in corso un generale processo di sostituzione del modello di spiegazione causale con il modello di spiegazione condizionale. Spiegare un fatto significa non più determinare i fattori causali che conducono necessariamente al suo accadimento, ma semplicemente determinare le condizioni della sua possibilità>>. Ma non tutti gli studiosi che si sono occupati della questione giungono alle stesse conclusioni. Anche Popper si è schierato a favore dell'indeterminismo, approfondendo ed ampliando il senso delle conclusioni di Heisenberg; in questo senso c'é compatibilità tra indeterminismo e causalità (nel senso popperiano, cioé congetturale).

  Le scienze dell'investigazione sono in parte caratterizzate da alcune tematiche applicative, che però non sembrano avere carattere discriminante rispetto all'insieme del metodo scientifico. Ad esempio, c'è spesso nell'ambito applicativo una particolare attenzione nei confronti dei particolari, delle evidenze nascoste e a volte piccolissime. Ma la riflessione sulla causalità, nelle scienze naturali, aveva da tempo ben chiaro che cause tanto piccole da sfuggire alla nostra attenzione possono produrre effetti straordinariamente rilevanti. E' ormai entrata nel bagaglio della cultura comune l'idea che un minimo cambiamento nella situazione iniziale di un contesto problematico può portare a risultati molto diversi: <<è difficile prevedere quel battito delle ali di una farfalla dell'Amazzonia che può effettivamente causare una tempesta in Florida>>. Anche  in un sistema contemporaneamente caotico e determinato non scompare il principio di causalità, ma acquista particolare rilievo il livello di complessità: il numero delle possibilità di evoluzione diventa preminente sia per quanto riguarda le condizioni iniziali sia per quanto riguarda i fattori intervenienti. Una differenza impercettibile può causare effetti finali straordinariamente diversi rispetto al senso comune: la definizione di un sistema come caotico allude proprio al fatto che risultati molto diversi possono essere ottenuti a partire da condizioni assolutamente identiche sotto quasi tutti i profili causali. Proprio per la straordinaria difficoltà in alcuni contesti di fare previsioni attendibili, la teoria del caos si è presentata come quella branca della matematica che cerca appunto di predire l'impredicibile.

Queste tematiche non erano del tutto ignote alle tradizionali analisi esplicative, come dimostra un vecchio esempio (ricordato in R. Hanson, Patterns of Discovery, Cambridge University Press, Cambridge 1958, p. 50), relativo alla ricostruzione della evoluzione di una catena causale: <<Perché mancava un chiodo fu perduto un ferro, per la mancanza di un ferro fu perduto un cavallo, per la mancanza di un cavallo fu perduto un cavaliere, per la mancanza di un cavaliere fu perduto un battaglione, per la mancanza di un battaglione fu perduta una battaglia, per la mancanza di quella battaglia fu perduto un regno. Tutto per la mancanza di un chiodo!>>.

  Invece che da un metodo di carattere esclusivo, le scienze della investigazione sono caratterizzate dall'adozione della metodologia generale condivisa da tutte le discipline definite come <<scientifiche>> proprio in forza del rispetto di un comune protocollo metodologico. Sulla base delle molte indicazioni metodologiche degli autori più illustri, le scienze dell'investigazione si collocano dentro una tradizione consolidata a livello accademico, contenutistico, professionale. In ogni fenomeno reputato degno di attenzione, le scienze dell'investigazione trovano una collocazione nell'ambito di questo itinerario interpretativo: problema, teoria, leggi esplicative, descrizione del fenomeno, comprensione della situazione, esame delle conseguenze inintenzionali, spiegazione, riformulazione del problema. Questo percorso esplicativo corrisponde ad un modello generale di soluzione dei problemi (attraverso il metodo delle congetture e confutazioni), che nella sua forma più semplice si può rappresentare attraverso lo schema: P1> TT> EE> P2, dove P1 è il problema da cui si parte, TT la teoria tentata per arrivare alla spiegazione, EE eliminazione dell'errore (attraverso esperimenti cruciali, uso critico delle evidenze documentarie e valutazione comparativa delle congetture in confutazione), P2 è la nuova situazione problematica che emerge dal primo tentativo di risolvere il problema che ci eravamo posti allo stadio P1. Lo schema è, ovviamente, senza fine, perché ogni volta che si giunge ad una conclusione si deve ripartire da quella che è in effetti una nuova situazione problematica verso nuovi tentativi congetturali (di fatto ogni P si deve intendere come uno stadio di Pn).