Il luogo è di origine romana ed i suoi primi signori, nel X secolo, furono Ugone e Guidone, fedeli ad Arduino. Per questo motivo furono spodestati da Enrico II, a favore di Leone, vescovo di Vercelli.

Passò poi a Novara, e con essa ai Visconti.
Strategicamente molto importante, da Carpignano Sesia si poteva controllare l'unico ponte sul Sesia tra Romagnano e Vercelli.

Nel 1361 riuscì a resistere agli attacchi della compagnia bianca che aveva come base operativa Sizzano, poco più a nord.

Espugnata nel 1643 dai francesi, venne da essi parzialmente distrutta con l'abbattimento delle mura del borgo.

Accanto la chiesetta romanica del XI secolo.