Gli anticorpi, che si possono raggruppare in cinque classi distinte, hanno una stessa struttura di base: sono formati da due coppie di molecole proteiche, disposte a Y e legate fra loro mediante ponti disolfuro, ossia mediante l’interazione di atomi di zolfo.

Due catene proteiche hanno un elevato peso molecolare e sono perciò dette "pesanti"; le altre due hanno un peso inferiore e sono dette "leggere".

Sia nelle catene leggere, sia in quelle pesanti vi sono regioni definite costanti, che hanno struttura simile negli anticorpi di una stessa classe; le regioni variabili sono invece estremamente differenziate (cioè formate da amminoacidi diversi) e permettono agli anticorpi il riconoscimento di una enorme quantità di molecole estranee (antigeni).

Il riconoscimento tra un anticorpo e un antigene avviene secondo un principio di complementarietà dei rispettivi siti di legame.