Con la bolla Regi saeculorum, del 18 maggio 1699, Innocenzo XII indisse il Giubileo del 1700. Il Papa, già malfermo in salute, non poté celebrare di persona la solenne cerimonia dell’apertura della Porta Santa. E, poiché era malato anche il cardinale decano Cybo, alla cerimonia inaugurale fu destinato, in sostituzione del Papa, il cardinale Emanuele Bouillon. Innocenzo XII proibì il carnevale e ogni esteriorità. Il Papa potè presenziare a pochissime cerimonie e morì il 27 settembre 1700. Il Giubileo fu chiuso dal successore, Clemente XI, eletto il 23 novembre 1700. Due giorni dopo il Tevere straripò e costrinse i pellegrini ad andare a San Paolo in barca.