NOSTRUM AMEN.  Sulla stessa lapide è posta l’acquasantiera di alabastro, a base circolare, con il fusto modanato e l’elegante vasca baccellata. Questo sepolcro, che ha attirato intorno a sé la venerazione e le commemorazioni secolari, cela un grande mistero: infatti non solo la salma ducale fu trafugata (la prima scoperta che il sepolcro ducale fosse vuoto risale al 20 marzo 1752), ma è scomparsa perfino la tomba ducale, rimanendo solo la pietra sepolcrale e l’acquasantiera. E stato ipotizzato che la salma del Duca, affidata con rogito ai Caracciolini, fosse portata via dagli stessi religiosi in un luogo segreto, forse un altro loro convento di Pesaro, quando si apprestarono a lasciare Urbania in seguito al trasferimento deliberato 

da Papa Alessandro VII della Biblioteca Ducale a Roma, partenza poi non effettuata in seguito a trattative e per la ricostituzione di parte della Biblioteca. Quando poi, alla fine del XVIII secolo, la chiesa fu ricostruita dalle fondamenta, essendo stato scoperto che la salma ducale non c’era più, si ritenne opportuno eliminare anche la tomba ducale. Non rimangono notizie sulle dimensioni dell' antica e originaria chiesa, in quanto non visitata dai Vescovi perché proprietà dei chierici minori, inoltre anche l’archivio del convento è andato disperso in epoca napoleonica. È tuttavia certo, sulla base delle descrizioni del funerale che l’edificio fosse più piccolo dell’attuale: infatti è scritto che la "Piramide" o catafalco eretto al centro della chiesa raggiungeva il soffitto e che non vi erano altari lungo le pareti, ma un grande altare nell’abside affiancato da due altarini. La tomba  ducale, perciò, si doveva trovare in un punto molto più avanzato di quello attuale. L’interno della chiesa, la cui alta facciata è suddivisa in quattro lesene e timpano     triangolare, è arricchito da raffinate decorazioni a stucco, presentando nel suo insieme echi dello stile dell’architetto Luigi Vanvitelli (1700-1773). L’altare maggiore ospita un grande dipinto raffigurante il cristo sulla croce,

   copia dell’opera eseguita da Federico Barocci nel 1604 per Francesco Maria II Della Rovere, oggi al Museo del Prado. In questa tela il pittore, approfondendo il tema dell’estasi, sostituisce all’immagine del Cristo morto quella del Cristo spirante, colto in un abbandono drammatico, acuito dalla solitudine con cui la figura campeggia sul paesaggio notturno, dal quale emerge una veduta del Palazzo Ducale di Urbino. L’altare della parete destra ospita un altro pregevole dipinto baroccesco raffigurante la Madonna con Bambino (conosciuta anche come Madonna delle nuvole), che la tradizione vuole fosse tenuto dal duca Francesco Maria II nella sua camera da letto e che, pur non essendo firmato, è da accostare alla mano del grande genio urbinate: tale tema riscosse un notevole successo cosicché ne furono realizzate copie e servì anche come riferimento importante per la decorazione di maioliche. Nell’altare di sinistra  si può invece