Le fonti storiche testimoniano la presenza umana nel territorio di San Giovanni Suergiu a partire dal periodo nuragico, ma è con i fenici che nascono i primi nuclei abitativi.
Durante questo periodo gli insediamenti aumentarono e il territorio si sviluppò soprattutto per il fatto che attraverso il vicino golfo di Palmas venivano esportati i prodotti della pastorizia, dell'agricoltura e della metallurgia locale, verso la penisola.
La conquista romana dell'isola (238 a.C.) segna l'inizio di un periodo di saccheggiamenti e distruzioni. Molti centri scompaiono e le fonti documentano che Palmas è tra questi. Concluso il periodo di lotte per la conquista della Sardegna, i romani si dedicarono allo sfruttamento delle sue risorse minerarie e agricole. Da questo momento Palmas vive un periodo di ripresa economica ed una nuova fase di popolamento del territorio.
Intorno al 455 d.C. l'isola conosce un nuovo periodo di decadenza dovuto alle invasioni dei Vandali, durante il quale Palmas fu completamente distrutta e i suoi abitanti si ritirarono nell'interno.
Il ritorno dell'isola sotto il controllo romano non modificò la situazione di decadenza che si era venuta a creare, situazione che peggiorò con l'inizio delle incursioni arabe nel 704, anno in cui le fonti arabe, fissano la presa di Sulci.
Nel IX secolo si sviluppò una nuova forma di organizzazione del territorio e nell'Xi secolo l'isola appare divisa in 4 Giudicati (Torres, Gallura, Arborea, Cagliari).
Palmas faceva parte del Giudicato di Cagliari e della Curatoria di Sulci.
Nel 1238 passo poi, ai Conti della Gheradesca.
Intorno alla metà del 1300 il centro fu distrutto dai barbari. Si ripopolò intorno al 1616 quando fu concesso in feudo alla famiglia catalana De Gualbes che, ottenne l'elevazione del feudo a Marchesato. Per il piccolo centro di Palmas questo è un periodo di ripresa economica.
Nel 1628 il feudo venne messo in vendita e con esso anche la villa di Palmas. La vendita fu firmata nel 1630 ed il feudo passò ad Alfonso, figlio del Marchese De Gualbes. Questi però morì giovane e senza eredi, ed il possesso passò alla sorella Elena. Il matrimonio di Angela Gualbes con Antonio Brondo, possessore del feudo di Villacidro, determinò l'unione dei feudi di Palmas e Villacidro.
I Bou - Crespi furono gli ultimi possessori del feudo fino al loro riscatto.
Con la legge dell' 11 luglio 1853 Palmas venne eretta a comune con le frazioni di Suergiu e Matzaccara.

Il 14 settembre 1862 Vittorio Emanuele II Re d'Italia, autorizza il comune di Palmas ad assumere la denominazione di Palmas Suergiu.
Nel 1952, su richiesta del Consiglio Comunale, un decreto del Presidente della Repubblica, modifica definitivamente il nome del comune in San Giovanni Suergiu.