Il territorio dell’attuale comune di Siliqua fu abitato sin dal periodo nuragico, al quale risalgono le torri nuragiche, oggi in gran parte distrutte, che si intravedono ancora nelle campagne (monte Oru, de s’Arcu, Miali, Domu de is Perdas); notevoli anche gli insediamenti fenicio-punici di Medau Casteddu, presso il

Castello medioevale di Acquafredda, e di San Pietro, sorti come fortezze, o accampamenti destinati ad accogliere le guarnigioni militari che avrebbero dovuto garantire a Cartagine il sicuro dominio e lo sfruttamento economico dei territori conquistati.
A circa tre chilometri a Nord-Ovest del paese sorge la chiesetta di San Pietro, costruita su resti romani; risalgono ugualmente al periodo della dominazione romana nell’Isola l’Acquedotto, che da Siliqua giungeva a Cagliari attraverso il quartiere di Stampace (fine I-inizi II secolo d.c.), e la necropoli.

Il paese, già esistente in epoca romana e per tutto il corso dell’alto Medioevo, appartenne al giudicato di Cagliari e fu compreso nella curatoria del Cixerri.
Dopo il 1257 l’abitato entrò in possesso della famiglia dei Donoratico della Gherardesca e, a partire dal 1282, divenne proprietà del noto conte Ugolino.
Caduto in disgrazia il conte Ugolino, Siliqua e il munitissimo castello passarono sotto il controllo diretto di Pisa.
Fra il 1324 e il 1326 il castello e tutti i territori circostanti furono occupati dagli Aragonesi e nel 1410 venne dato in feudo dal re d’Aragona Ferdinando I a Pietro Otger. Nel 1458 fu venduto a Giacomo Aragall, passò poi a Giovanni Bellit i cui eredi ne erano ancora in possesso nel 1603.

Nel corso del ’600 la Baronia di Monastir, che includeva anche Siliqua, venne incorporata nel marchesato di Villacidro, del quale erano feudatari i Bou Crespi di Valdaura. Da questi il grosso feudo venne riscattato dal Re di Sardegna,Vittorio Amedeo, nel 1785.
Segnaliamo che fin dal Medioevo sorgevano nell’attuale territorio del comune di Siliqua numerose altre "ville": il citato borgo di Acquafredda, ancora esistente nel 1421," Arcedda", attestata nel 1359, "Sebatzus", già spopolata nel 1561; "Frongia", "Saruis" e "Stiarro", che nel 1584 erano ormai completamente disabitate.