La grotta
Nella grotta è riposta la statua dell'Arcangelo Michele e fu costruita nel 1507 da Sansovino, custodita in un'urna d'argento e di cristallo di Boemia. Sotto la statua dovrebbe esserci l'orma del piede dell'Angelo. (Secondo una leggenda, la statua non può essere rimossa, altrimenti il paese di Monte Sant'Angelo, crollerebbe.) A sinistra la sedia episcopale in marmo dell'XI secolo, opera del celebre scultore Acceptus, considerato da molti come l'iniziatore dello stile romanico-pugliese. Sulla sinistra dell'altare maggiore vi è quello della Madonna del Suffragio, protetta da un baldacchino di marmo. Dietro, si trova "il pozzetto", dove viene raccolta la "stilla" d'acqua santa che cade dalla roccia. Le statue, numerose, risalgono al XIII secolo, come anche l'altare di San Pietro.

Abbazia di Pulsano
A pochi chilometri da Monte Sant'Angelo sorge l'antica Abbazia di Santa Maria di Pulsano, situata su una roccia che domina il Golfo di Manfredonia e il Tavoliere, offrendo un panorama spettacolare. Andando verso la chiesa si passa da due portali, uno finemente decorato e l'altro arcato. Le sue origini sono incerte. Nel sec. XII San Giovanni da Matera vi istituì l'ordine dei Frati Pulsanesi, che seguiva rigidamente la regola dei Benedettini. La chiesa si conserva bene; l'interno è ad una sola navata, l'abside è una grotta con la nicchia che conservava le spoglie di San Giovanni da Matera. Sulla parete destra sono allineate statuine di santi. Se si scende lungo i pendii, si possono raggiungere le celle dei frati pulsanesi che sono scavate nella roccia e che conservano affreschi di pitture sacre.

San Pietro
Risale al'XIII al IX secolo. La facciata del '600, il rosone e la struttura absidale sono le uniche vestigia dell'antica chiesa.

Chiesa di Santa Maria Maggiore
La chiesa è datata da alcuni storici intorno all'XI secolo ed attribuiscono la costruzione all'arcivescovo Leone. La facciata si presenta divisa in due parti tramite un cornicione a mensola e nella zona superiore vi è un triforio, ed è racchiuso un piccolo rosone. Il fabbricato fu sicuramente ristrutturato verso la fine del XII secolo, come testimonia una iscrizione sul portale datata 10 giugno 1198. Il sontuoso portale che incornicia l'ingresso è sormontato da una lunetta, delineata da una serie di archivolti e nel cui timpano è riportata la rappresentazione della Vergine che regge tra le braccia il Bambino Benedicente. Ai loro lati sono rappresentati due angeli incensieri e due personaggi, che alcuni studiosi identificano con Bonifacio, restauratore della chiesa, e con l'imperatore Federico II o con l'imperatrice Costanza. La chiesa è a tre navate le cui volte laterali sono a crociera e quella centrale a vela. Le due prime campate hanno una volta a botte lunettata (rifatta) e la terza è coperta da una cupola di epoca medioevale. La zona presbiteriale risale a un intervento, riferibile forse, al XVIII secolo, quando la chiesa subì ripetuti interventi di restaurazione. All'interno, in origine, era interamente affrescata: sulle pareti delle navate, sulle colonne e sugli archi. Oggi vi sono solo delle tracce. I santi vescovi, l'Annunciazione e l'Arcangelo Michele della parete destra evidenziano la tradizione pittorica bizantina. Sempre sulla destra c'è un immagine di San Francesco, forse, la più anticha di quelle conservate in Puglia. I dipinti sulla parete sinistra sono di gusto gotico: un Sant'Ippolito cavaliere, una Vergine col Bimbo in trono fra due angeli, una Santa Felicita rappresentata con la schiera dei sette figli. Sui pilastri vi è San Vito martire e santa Elisabetta.

Tomba di Rotari (Battistero di S. Giovanni)
Monumento del XII secolo, è incerta la sua origine (battistero,campanile o sepolcro). Presenta una splendida conca battesimale e le sculture raffiguranti la cattura di Gesù. Vi è un loculo attribuito, come la leggenda narra, a Rotari re dei Longobardi e celebre per l'Editto, anche se improbabile.

Chiesa di San Francesco
Secondo antiche testimonianze locali, nel 1216 S. Francesco d'Assisi si recò in pellegrinaggio al Santuario di S. Michele in Monte S. Angelo e, scelse un luogo solitario nella parte più bassa del paese per costruire un cosiddetto "luogo per i frati", cioè una specie di convento fatto di capanne. Questa località era chiamata "Valle dell'Inferno", successivamente chiamata valle "Santo Oronzo". La chiesa e il convento di San Francesco furono eretti per munificenza della celebre Regina Giovanna I d'Angiò. In stile ogivale all'inizio, i restauri e le trasformazioni successive finirono col far perdere completamente i caratteri e le forme primitive. Soltanto la facciata della chiesa presenta tuttora qualche richiamo dell'aspetto antico, in particolare nelle arcate del portale e nell'accenno all'antica finestra a ruota. La chiesa si presenta ad una sola ampia e lunga navata in stile neoclassico settecentesco con quattro nicchie laterali. A destra dell'entrata è posto il sarcofago della Regina Giovanna I con sovrastante lapide.