Dell'età imperiale romana, purtroppo, non rimangono testimonianze.

In periodo augusteo il porto fu potenziato assieme al Portus Julius del Lago d'Averno. Non dobbiamo, infatti, dimenticare che qui era la sede della flotta imperiale di tutto il Mediterraneo.

Il porto era formato dal Golfo di Miseno all'esterno e, all'interno, dal Lago di Miseno. I due bacini erano collegati da un canale.

Il gruppo dell'abitato dell'epoca è oggi al di sotto di quello moderno.

Fra i monumenti che troviamo a Miseno, i resti del teatro; il Sacello degli Augustali per il culto degli imperatori (le statue ritrovate sono al Museo Archeologico Campano nel Castello di Baia); la Grotta della Dragonara, grande cisterna del tipo delle altre due di Bacoli; la villa di Lucullo, suddivisa in vari ambienti, dei quali alcuni sommersi.