La chiesetta di Santa Maria di Mili ci è pervenuta integra, se si eccettua l’allungamento (nel 1511) della sua unica navata, è ancora perfettamente visibile la recisione netta dei muri originali; tale allungamento è stato ottenuto portando in avanti il prospetto occidentale. . In sostanza la chiesa mantiene intatto lo spirito della concezione primitiva.

Il locale è costituito prevalentemente da laterizi che appaiono all’esterno privi di intonaco probabilmente per una discutibile operazione attuata nel 1918 e che avrebbe permesso l’analisi della struttura originale e le sue vicende . All’esterno la chiesa è caratterizzata da una vivace policromia che si fonde perfettamente nel gioco ad arcate cieche che investono l’intero corpo architettonico e che nelle fiancate sembrano intrecciarsi con le grandi finestre che riprendono con il loro succedersi il motivo classico degli acquedotti romani.

All’interno la chiesa si sviluppa longitudinalmente con una navata unica , una parete muraria trasversale è intermessa, come uno schermo , tra la navata e il muro orientale di fondo su cui si incurva l’abside maggiore mentre le absidi laterali sono solo delle incassature a sezione semicircolare.  

L’abside maggiore è anche l’unica ad avere una corrispondenza all’esterno, dove si configura come una sporgenza ad emiciclo con un disegno ad arcature in rilievo appoggiate da un lato a delle lunghe lesene e dall’altro pendule. A ciascuna delle tre absidi corrisponde superiormente una cupola ma quella che si erge sull’officiante domina, per dimensione e altezza, le due laterali.

C'è dunque nella chiesa di Mili una netta innovazione, cioè la mancata corrispondenza tra le tre cupole esterne e l’unica navata. Probabilmente l’ignoto architetto non ha solo voluto denunziare all’esterno, con forte richiamo visivo, l’area sacrale dell’altare, ma anche voluto dare una valenza simbolica (le cupole sono tre come le persone della Trinità).

Certamente c’è nel motivo delle cupole, spiccanti da tamburi simmetrici arrotondati o a spigoli vivi ma anche nell’ordito cromatico delle arcature intersecate un rimando preciso all’architettura araba, possiamo quindi presumere che l’architetto si sia formato operando in cantieri arabi: l’edificio è infatti chiesa e moschea insieme con un risultato finale molto pittoresco e fluido.

Come sopra detto la navata originale è stata allungata e la nuova facciata è arricchita da una notevole porta protocinquecentesca, architravata e con arco di scarico. L’architrave, retto da mensole decorate , è ornata da un medaglione della Madonna col Bambino tra due blasoni.

All’interno si segnalano come rielaborazioni il tetto ligneo a travature scoperte (sostenuto da mensoloni decorati e datato 1511), la piccola cripta funeraria che si apre al centro del pavimento, la grande finestra murata nell’abside centrale ed alcuni resti di stucchi sui pilastri dell’arco trionfale. Va segnalata la mancanza delle colonnine che dovevano arricchire l’abside centrale, di cui rimane l’alloggiamento. Segni di rimaneggiamenti si colgono nei locali della sacrestia, cui si accede da una porticina sulla sinistra: tra l’altro si nota un arco a pieno sesto che pare doversi aprire direttamente sulla chiesa. Peraltro gli archi intrecciati sopravvissuti all’interno della sacrestia sul fianco del tempio, dimostrano che anche questi locali furono aggiunti in un secondo tempo. Le notevoli opere d’arte ancora conservate risalgono ad epoche relativamente recenti: nulla rimane del periodo medievale, quando presumibilmente il tempio aveva un aspetto semplice. Nei depositi del museo si trova una sciupata tela settecentesca raffigurante S. Isidoro che addita l’Eterno e Gesù. Nella chiesa di Mili S. Pietro si conserva il grande dipinto della Madonna del Rosario che il La Farina attribuisce a Francesco Laganà nel 1638. Provengono dalla Badia anche l’elegante acquasantiera rinascimentale e il fonte battesimale.

Il monastero si sviluppa accanto alla chiesa, attualmente in una situazione fatiscente. Sono visibili tracce di rielaborazioni ottocentesche , verosimilmente apportate dopo la cacciata dei monaci: a questo periodo sembrano risalire le eleganti finestre contornati da rustici mattoni ed una terrazza panoramica sul torrente. Un corpo del monastero è appoggiato alla parte laterale della chiesa e chiude il primo cortile: un arco consente il passaggio al secondo cortile, molto più vasto e regolare.