1939: l'emergenza

1936: con l'"Asse Roma Berlino" l'Italia fascista si allea con la Germania nazista
1939: Hitler scatena la guerra mondiale con l'invasione della Polonia
1940: l'Italia di Mussolini dichiara guerra a Francia e Gran Bretagna

Nel clima che preludeva alla guerra, il regime impose un'altra stetta all'azione delle organizzazioni cattoliche. Chiamato a gestire questa emergenza fu il nuovo pontifice Pio XII (1939-1959).
L'AC fu in pratica clericalizzata: i dirigenti laici vennero sotituiti con ecclesiastici provocando malcontento tra i soci: il pontefice affidò l'alta direzione dell'Azione Cattolica ad una Commissione composta da tre cardinali, la quale dispose un'ulteriore riforma che fu approvata da Pio XII il 6 giugno 1940 a pochi giorni dalla dichiarazione di guerra.

Se si riflette sul fatto che la riforma non fu estesa all'AC degli altri paesi è indicativo di quanto contingente sia stato l'allontanamento dei laici dalla direzione dell'AC, tutto legato alla situazione politica italiana.

[gli altri statuti]

Negli organismi centrali e periferici i dirigenti laici vengono sostituiti con ecclesiastici pur rimanendo come Assistenti Ecclesiastici.

Nelle diocesi l'Ufficio dell'Azione Cattolica fa parte degli Uffici della Curia e l'associazione è presieduta dal Vescovo stesso.
Gli Uffici diocesani e parrocchiali sostituiscono rispettivamente Giunte e Consigli i cui presidenti divengono semplici segretari.

Sul piano nazionale tuttavia, le sei organizzazioni, con i rispettivi dirigenti laici, rimangono.