Il flauto traverso sembra fosse conosciuto addirittura nel periodo neolitico, ovvero circa 8000 anni prima di Cristo. La prima testimonianza dell’esistenza del flauto traverso la troviamo in un libro di poesia dell’antica Cina: il She King che risale al IX secolo avanti Cristo. In epoche relativamente remote, i sumeri suonavano il flauto traverso e così facevano gli egizi, anche se il loro strumento sembra fosse una via di mezzo tra il flauto diritto e il flauto traverso. Nell’antica Grecia lo strumento a fiato più diffuso era invece l’aulos che non è un flauto ma uno strumento ad ancia come il clarinetto e l’oboe. Anche presso i Romani i flauti dritti e traversi ebbero largo impiego ed erano chiamati Tibie. La più antica rappresentazione indiscutibile del flauto traverso è un bassorilievo etrusco, di una necropoli nei dintorni di Perugia, datato dal II al I secolo avanti Cristo.
In Epoca Moderna, possiamo considerare principalmente tre strumenti:
il flauto rinascimentale, quello barocco e quello contemporaneo. Il flauto rinascimentale consisteva in un cilindro di legno a sei fori, più uno un po' più grande adibito ad imboccatura per l'emissione del suono. Questo strumento, abbastanza limitato nell'estensione e difettoso nell'intonazione, non era completamente cromatico, cioè in grado di suonare in tutte le tonalità, e il suo uso era abbastanza limitato rispetto al flauto diritto. Verso la fine del Seicento gli Hotteterre, famiglia francese di musicisti e costruttori di strumenti, elaborarono un flauto traverso più evoluto, dal corpo conico e con l'aggiunta di almeno una chiave. Questo strumento, arricchito in seguito di ulteriori chiavi, è fondamentalmente lo strumento conosciuto da Bach, Mozart, Beethoven, dai grandi compositori romantici fino alla seconda metà dell'Ottocento.

Il Flauto traverso si colloca perfettamente nell’ambito della musica tardo Barocca e Rococò, rivaleggia con il violino per quanto riguarda sia le capacità tecniche sia per la popolarità.
Il suono dolce, povero di armonici e dal volume contenuto, esprime perfettamente gli ideali di una società che aspira alla quiete, che sogna l’immersione in un mondo in cui una leggiadra natura circonda, nutre e protegge. I sentimenti sono elevati e le passioni controllate. Tutto ciò viene spazzato via dall’avvento del Romanticismo che evidentemente abbisognava di ben altri mezzi per esprimere le inquietudini di quel periodo. Il flauto traverso viene così dimenticato dai compositori che lo relegano in orchestra, dove svolge un ruolo dignitoso ma gregario.
A questo punto possiamo finalmente parlare del Flauto traverso contemporaneo.


Theobald Boehm, un flautista e costruttore di flauti tedesco, dopo anni di studi ed esperimenti propri e di altri ricercatori, elaborò verso il 1850 quello che oggi conosciamo come Flauto traverso.
Il flauto di Boehm è sostanzialmente diverso da quelli che lo hanno preceduto. Innanzitutto il materiale: oro e argento al posto del legno, un complesso sistema di chiavi che permettono a nove dita (cinque della mano sinistra e quattro della mano destra), di comandare fino a diciassette fori. Il corpo dello strumento è cilindrico, mentre la testata è conico-parabolica. Tutto ciò ha permesso di ottenere uno strumento sofisticato, perfettamente intonato e capace di suonare in tutte le tonalità senza affanno. Il suono acquista in potenza senza perdere in dolcezza e innumerevoli sfumature timbriche sono a disposizione dell’esecutore. Va ricordato che agli inizi il flauto di Boehm incontrò parecchie resistenze da parte dei vecchi strumentisti e insegnanti che non erano disposti a rimettersi a studiare, vista la diversa diteggiatura e imboccatura. Dobbiamo quindi aspettare la fine dell’Ottocento per trovare una diffusione massiccia del nuovo strumento.