Per usare il test t di Bonferroni, che individua le singole differenze fra le medie ottenute in una analisi della varianza per prove ripetute, utilizziamo una formula leggermente differente rispetto a quella che si usa nell'analisi della varianza per campioni indipendenti.
    In questo caso sostituiamo alla formula la varianza entro gruppi con la varianza residui.
    Vediamo un esempio pratico applicando il test all'esempio utilizzato per spiegare l'analisi della varianza per prove ripetute. I dati li ricaviamo dalla Tabella dei dati grezzi.

    La stima della varianza residui è 0,005 (Tabella riassuntiva) e ci sono k = 5 campioni, ciascuno formato da n = 10 soggetti, sappiamo anche il numero dei gradi di libertà: G.L. residui = 36 gradi di libertà associati alla stima della varianza residui.
    Possiamo confrontare i cinque gruppi calcolando i valori di t dei confronti delle medie due a due, in questo caso faremo 10 confronti utilizzando la seguente formula:

dove m_x e m_y sono le medie da confrontare e n rappresenta la numerosità dei gruppi esaminati.

    Calcoliamo il valore del denominatore:

    Abbiamo messo a confronto multiplo 5 medie perciò per avere un tasso complessivo di errore che sia inferiore al 5% dobbiamo confrontare ciascuno dei valori t ottenuti con il valore critico associato con 5/k = 5/5 = 1% di probabilità di errore, in pratica il valore critico per p = 0,01. Dalla Tabella dei valori critici per il test t di Student vediamo che per 36 gradi di libertà il valore critico per p = 0,01 si avvicina al valore di 2,747. Confrontando questo valore critico con quelli appena ottenuti osserviamo che questo valore è superato nel confronto fra la media pre terapia e quella della 2^a sett., 3^a sett. e 4^a sett., rispettivamente. Inoltre vi è una differenza statisticamente significativa fra la media della 1^a sett. e quella della 4^a sett. Possiamo quindi affermare che l'effetto tossico del farmaco studiato, a carico del rene, inizia a manifestarsi già dopo la prima settimana.