Ne dà notizia lo stesso Pietro Antonio in una "nota degli organi da lui costruiti", unita alla sua richiesta del 1587 di essere preferito a un concorrente nella realizzazione di un organo per il Duomo di Milano.
In tale scritto, l'organaro si vantava " ... di non cedere a qualsivoglia altro in simile professione...".
Peccato che i milanesi non gli credettero, e la costruzione dell'organo per il Duomo fu appaltata al suo avversario.
Un inventario del 1618, custodito presso la Curia di Novara, descrive questo organo con "...dodici registri, con dentro vari e diversi singolari istromenti che lo rendono perfetto e raro...".
Non abbiamo notizie sugli strumenti nella chiesa fino alla seconda metà dell'ottocento.
Siamo certi della collocazione dello strumento, differente da quella odierna: era nella navata destra, a fianco dell'altare maggiore.
Presumibilmente i mantici erano piazzati nel sottotetto, sopra la volta della navata destra. Ci resta una sbiadita foto dell'interno della chiesa, autografata da tale "Enrico Scavini fotografo in Intra", in cui si vede di sbieco l'organo, indubbiamente imponente, posto su una balconata sorretta da mensoloni scolpiti in pietra.
Tali manufatti sono stati conservati, nei pressi dell'ossario ottagonale adiacente la chiesa, ora sede dello studio del parroco.
Ancora oggi notiamo la mancanza di stucchi e di decorazioni in corrispondenza
della penultima arcata.I capitelli posti sulle colonne che la delimitano furono modificati solo su di un lato; su quello interno hanno mantenuto la conformazione originaria romanica.
Infatti, in epoche successive alla costruzione della chiesa, furono aggiunti stucchi e decorazioni all'interno dell'edificio, ma, ovviamente, non fu possibile decorare anche le pareti e i particolari nascosti dall'organo.
Nel 1871 il canonico Costantino De Lorenzi fu incaricato di giudicare i lavori di restauro portati a termine dall'organaro Giovanni Franzetti, di Intra.