Alla fine del Pliocene il territorio pontino era un grande golfo, con acque poco profonde e dalle quali si ergeva l'isola del Circeo. Durante il Pleistocene il golfo si trasformò in una o più lagune.
     La presenza dell'uomo fin dalla preistoria è testimoniata da effigi rupestri (Sezze) e da resti umani (Circeo). Nel 1939 infatti, venne rinvenuto nella grotta Guattàri, a pochi chilometri da Sabaudia, il cranio di un uomo preistorico, contemporaneo all'uomo di Neanderthal: l'uomo del Circeo. In molte altre zone del territorio pontino, ed in special modo nelle grotte del promontorio, furono rivenute punte di frecce, arnesi da lavoro, resti di pasti e di fuochi. Molti siti preistorici furono individuati da Alberto Carlo Blanc e dal suo allievo, il paletnologo Marcello Zei, sopratutto a Selva Piana e a Molella. Tali insediamenti sono databili fino a 15.000 anni da oggi.