Istituito con il relativo regolamento nel 1993, ha sede nel borgo del Castello di Santa Severa, nei locali denominati La Polveriera (Sezione Didattica), il Caminetto (Sezione Espositiva), la Casa dei Somari (Laboratorio di Archeologia).

La Sezione Didattica è destinata ad illustrare ai visitatori i principali siti d'interesse storico-archeologico del territorio comunale, le vicende storiche di Pyrgi e del Castello di Santa Severa, i temi specifici del museo inerenti l'antica vita sul mare, la ricerca archeologica subacquea e marittima.

La Sezione Espositiva: raccoglie oltre cento reperti provenienti dai fondali di Santa Severa e Santa Marinella. Anfore etrusche e romane, ancore litiche e in piombo, ceramiche ed oggetti d'uso quotidiano e da pesca, illustrano "la vita sul mare e per il mare" dall'antichità al tardo medioevo. Nella sezione è stata realizzata la "Sala della Nave" che ospita una ricostruzione in scala reale della stiva di una nave romana da trasporto, in navigazione a pieno carico.

Il Laboratorio di Archeologia: attivo durante l'intero anno, consente ai giovani del comprensorio di partecipare a programmi sperimentali d'introduzione all'archeologia, condotti da operatori specializzati (La ceramica della preistoria, la pittura etrusca, la vita nel castello medievale, lo scavo archeologico stratigrafico, la ricognizione di superficie, la panificazione nell'antichità ecc.). Il laboratorio è fornito di numerosi strumenti didattici appositamente costruiti per illustrare aspetti della vita antica e della ricerca archeologica. Nel giardino è allestita un'area di 50 mq destinata allo scavo di una stratigrafia simulata comprendente depositi preistorici, etruschi e romani. Il laboratorio è il punto di riferimento del progetto "Adozione di Pyrgi e del Castello di Santa Severa" curato, dal 1995, dalle scuole del Comune di Santa Marinella.