Compiti istituzionali
La FMSI espleta l'indispensabile funzione di assicurare la tutela della salute degli atleti anche per garantire il regolare e corretto svolgimento delle gare, delle competizioni e dei campionati di ogni ordine e grado. A tal fine la FMSI:

1. assicura l'assistenza medico sanitaria indispensabile alla organizzazione sportiva ed agli atleti;
2. provvede alla formazione e all'aggiornamento permanente degli iscritti e alla divulgazione delle conoscenze medico sportive nel mondo dello sport;
3. assicura il controllo antidoping, anche per mezzo di propri laboratori, nell'ambito delle leggi nazionali e regionali;
4. promuove e incentiva studi e ricerche scientifiche nel campo della medicina applicata all'esercizio fisico ed agli sport anche in relazione alle condizioni igienico-ambientali, nel campo delle tecniche anti-doping ed in ogni altro campo attinente la promozione della salute attraverso lo sport agonistico, non agonistico, lo sport per tutti, lo sport per i disabili;
5. tutela la salute degli atleti, d'intesa con il C.O.N.I., le Federazioni Sportive Nazionali e le altre organizzazioni sportive nazionali riconosciute, nell'ambito delle leggi nazionali e regionali, anche al fine di garantire un omogeneo e regolare supporto al corretto svolgimento delle gare, delle competizioni e dei campionati;
   
6. esercita funzioni di prevenzione, di consulenza, di controllo medico, nonché di valutazione funzionale per gli atleti delle Federazioni sportive Nazionali, delle organizzazioni sportive riconosciute e di chiunque ne faccia richiesta;
   
7. si impegna nella prevenzione e nella repressione dell'uso di sostanze o di metodi che alterano le naturali prestazioni fisiche degli atleti in collaborazione con il C.O.N.I. e le Federazioni Sportive Nazionali e nell'ambito delle leggi nazionali e regionali;
   
8. garantisce che i medici sportivi operanti nell'ambito dello sport, tesserati della FMSI, rendano le proprie prestazioni con uniformità di comportamento, nell'ambito di tutta l'organizzazione sportiva nazionale. L'amministrazione della giustizia federale da parte della FMSI garantisce l'applicazione dello stesso sistema sanzionatorio per tutti i tesserati a parità di violazioni;
   
9. si impegna nell'educazione sanitaria della popolazione sportiva e nell'attività di propaganda per la formazione di una coscienza sportiva, quale fattore di miglioramento fisico e morale della gioventù;
   
10. si impegna nello studio e nell'attuazione di ogni altra iniziativa utile ai fini della propaganda olimpica;
    
11. opera in collegamento e collaborazione con le organizzazioni scientifiche nazionali ed internazionali operanti nel campo della medicina dello sport;
    
12. pubblica materiale divulgativo scientifico medico-sportivo, educativo e tecnico per la diffusione della cultura dello sport, dell'educazione e della promozione della salute attraverso lo sport.

Organizzazione
La F.M.S.I. (art. 1, comma 3,5,6 dello Statuto Federale) è costituita dalle Associazioni dei medici dello sport operanti in particolare nell'ambito delle Federazioni Sportive Nazionali e delle Discipline Associate riconosciute dal CONI. Partecipa, tramite i propri tesserati, a tutte le manifestazioni sportive in cui sia obbligatoria la presenza del medico ed ha lo scopo di assicurare all'atleta, sotto l'aspetto medico sanitario, le migliori condizioni per svolgere l'attività sportiva con beneficio e senza danno per la salute, a livello agonistico e non agonistico.
La F.M.S.I. collabora con l'Università, con le Istituzioni pubbliche e private che hanno comunque attinenza con l'attività sportiva e mette a disposizione delle Federazioni sportive nazionali, delle altre strutture sportive e di chiunque sia interessato la sua organizzazione periferica, le Associazioni Medico-Sportive (A.M.S.) provinciali, gli Istituti ed i Centri convenzionati; attraverso supporti operativi snelli ed efficienti in quanto gestiti direttamente dai medici, i quali possono fornire tempestivamente le prestazioni perché non imbrigliati da complicazioni burocratiche o inutili appesantimenti formalistici e normativi. Sono Organi centrali della Federazione: l'Assemblea nazionale (formata dai Presidenti delle Associazioni Medico Sportive), il Presidente, il Consiglio Direttivo Federale (C.D.F.), il Consiglio di Presidenza, il Collegio dei Revisori dei Conti.
Sono Organi periferici: l'Assemblea regionale (formata dai Presidenti delle Associazioni Medico Sportive della Regione), i Presidenti dei Comitati regionali o i Delegati regionali, i Comitati regionali (nelle regioni con almeno 4 Associazioni), i Delegati provinciali. Il Comitato regionale ed il suo Presidente sono eletti dall'Assemblea regionale. Le Assemblee elettive - nazionale e regionali - si svolgono ogni quadriennio olimpico.
Sono Organi di Giustizia: la Commissione di Disciplina, la Commissione d'Appello, il Procuratore Federale.
Sono Organismi permanenti della Federazione: la Segreteria generale, la Consulta dei Presidenti o Delegati regionali; il Collegio dei Medici Federali, il Collegio dei Medici delle Squadre professionistiche; il Comitato scientifico culturale; la Commissione Statuti e Regolamenti.
Breve storia dell'FMSI
La Federazione Medico-Sportiva Italiana fu costituita dal CONI nel 1929 (come Federazione Italiana Medici degli Sportivi), emergendo la necessità di una visita specializzata per i praticanti attività sportive a livello agonistico, da ripetere periodicamente. Fra gli adempimenti della Federazione anche i corsi per i medici, per i massaggiatori sportivi e per gli allenatori. Sempre nel 1929 venne costituito il primo Istituto di Medicina dello Sport presso il nuovo stadio di Bologna e negli anni successivi sorsero laboratori scientifici in varie città.
L'esigenza di una Medicina dello Sport "organizzata" era sentita all'epoca anche in campo internazionale: nel 1928, in occasione dei Giochi Olimpici, fu tenuto ad Amsterdam il primo Congresso internazionale di Medicina sportiva e poi, durante i Giochi Olimpici invernali di St. Moritz, venne costituita la Federazione Internazionale di Medicina sportiva. Nel 1930 la Segreteria Generale del CONI. diramò una circolare sull'obbligatorietà, per le Società sportive. di avere un medico sportivo. Nel 1940 la Federazione fu trasformata in Servizio medico del CONI.. Nel 1945 ai sensi della Legge istitutiva dell'Ente in parola., veniva costituita la Federazione Medico Sportiva Italiana (F.M.S.I.), confermata Federazione del CONI. dal D.P.R. 28.3.86. Con la riforma dell'Ente, a seguito del D.l.vo 242/99 (Decreto Melandri), nell'ottobre 2000 il CONI. ha approvato il nuovo Statuto della F.M.S.I..
A Bari negli anni Sessanta l'ambulatorio, creato nel 1956 e poi divenuto Centro, veniva trasformato in Istituto di Medicina dello Sport.