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Il filesystem è l'insieme delle regole che permettono la gestione dei file sui dispositivi di memorizzazione. I filesystem si dividono in due categorie: Journaled e non Journaled. I Filesystem journaled tengono costantemente traccia delle modifiche effettuate sui file in modo tale che, in caso di crash, le verifiche sul filesystem del sistema siano più rapide. I Filesystem non Journaled invece non tengono la traccia delle modifiche e di conseguenza in caso di crash hanno bisogno di una verifica approfondita. I filesystem si trovano sui dischi fissi, sui cdrom e su ogni altro dispositivo di memorizzazione e consentono l'esecuzione di accessi diretti. Il formato e il mezzo su cui sono contenuti i file non è importante, il sistema fornisce una interfaccia comune per tutti i tipi di filesystem che riconosce. Il principale filesystem di Linux è ext2, nelle ultime distribuzioni di Linux hanno fatto la loro comparsa ext3 e reiser. Windows98 usa FAT o FAT32, Windows2000 o Xp usano NTFS, i cdrom invece vengono "formattati" con un filesystem standard che è l'iso9660. Ognuno di questi filesystem usa un suo formato per memorizzare i file, tuttavia quando si accede a un filesystem Linux, il sistema presenta i dati come file disposti in una gerarchia di directory con tanto di proprietari, gruppi e permessi. Ext2 è il filesystem principalmente usato da Linux, alcune sue caratteristiche sono la possibilità di utilizzare nomi di file lunghi fino a 256 caratteri e partizioni da 4TB. Offre inoltre supporto per gran parte dei filesystem esistenti:
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