Nonostante nel nord-Africa si siano trovati reperti archeologici che dimostrano la presenza dell'uomo in quelle zone fin da molto tempo avanti Cristo, non ci sono ancora studi storici precisi sul periodo fino alla fine del VII secolo, quando cioè inizia l'infiltrazione arabo-islamica. Tra il secolo XI ed il XII questa islamizzazione si consolida con l'avvento degli arabi dallo Yemen, attraverso l'Egitto ed il nord-Africa mediterraneo, che si integreranno con i berberi della zona originando le tribù saharawi. Notizie più precise ed accessibili si trovano invece dal momento in cui l'Europa si interessa al continente ed al nord-Africa in particolare.
Prima che l'interesse fosse spostato verso l'America, nel XIV secolo iniziarono le prime esplorazioni nella zona del Sahara da parte degli spagnoli e portoghesi che cercavano di conquistarsi le isole Canarie come punto di partenza per esplorazioni successive e più approfondite. Alla fine del XV secolo le Canarie sono definitivamente spagnole e si inizia la ricerca di oro e di schiavi anche nel territorio del Sahara Occidentale.
All'inizio ci sono solo pochi racconti delle abitudini degli indigeni della zona scritti da europei  presi prigionieri. Nel 1850 si ha la prima vera spedizione esplorativa ad opera di Leopold Panet che descriveva le sue osservazioni fatte dal Marocco al Senegal. L'unico stato organizzato
nell'area è il Marocco e la Spagna dovrà confrontarsi presto con il Sultano marocchino.
Dal 1859 alla Spagna è riconosciuta la possibilità di insediare nell'area uno stabilimento per la lavorazione del pesce. Spinta dal pericolo di espansione delle limitrofe colonie francesi e da società commerciali spagnole, Madrid decide di fondare la prima colonia del Rio de Oro nel
1884.
Ma la colonia è soltanto una piccola zona che per espandersi dovrà ancora confrontarsi con il Sultano del Marocco che già da molto tempo aveva cercato di imporre alle tribù nomadi dell'area il suo dominio senza mai riuscirvi se non per brevi periodi. Alcune tribù, fra cui anche alcune saharawi, mantenevano rapporti con il Marocco, ma si facevano rappresentare solo a certe condizioni ed in situazioni particolari, tali da non poter considerale assoggettate. Il Marocco, invece ha rivendicato questo periodo per poter esporre la tesi del "Grande Marocco" (comprendente parte dell'attuale Algeria, della Mauritania e del Mali) sostenuta negli anni `50 dal Sultano Allal El Fassi. Nel 1884 al Congresso di Berlino la Spagna annuncia il suo protettorato sul Rio de Oro per far riconoscere anche alle altre potenze europee la sua sovranità sull'area e per fermare così l'avanzata francese nel sud dell'Algeria, in Mauritania ed in Marocco.
Tra il 1900 e il 1912 gli accordi tra Spagna e Francia definiscono le loro aree di influenza, stabilendo confini precisi e delimitando quindi anche il Marocco che si trova confinante. Dopo la definizione di questi confini le due potenze europee iniziano operazioni per la sottomissione della tribù locali e di controllo del territorio. Nasce adesso il movimento anticoloniale saharawi, con le tribù guerriere degli Uld-Delim e il suo predicatore religioso (Marabù) Ma' al-Aynin, morto nel 1910, che si distingue nella lotta ai francesi.
All'inizio degli anni `30 le tribù indigene ripresero le armi contro i colonizzatori europei. A tale proposito va sottolineato che per un trentennio i saharawi si opposero attivamente al colonialismo francese, essendo giunti alla consapevolezza politica del comune disegno imperialistico perseguito tanto da Parigi quanto da Madrid. Se, infatti, la Spagna aveva distrutto gran parte del patrimonio culturale saharawi, erano stati i francesi nel 1913 ad assalire ed a devastare Smara, principale centro politico e religioso di questo popolo (nonostante gli accordi sui confini, la Spagna si occuperà a lungo della costa ed i francesisconfineranno dall'Algeria nel Sahara Spagnolo facendo guerra con le tribù saharawi). Con la fine delle ostilità, nel 1934, gli Uld-Delim entrarono a far parte delle truppe iberiche, e anche i Reguibat si sottomisero alla dominazione spagnola, altre tribù, spinte dal bisogno di protezione, cominciarono a riunirsi attorno alle sedi delle guarnigioni spagnole, dando origine ai
primi centri urbani. Questi avvenimenti accelerarono la disintegrazione della struttura tribale indigena e la sedentarizzazione successiva anche se la guerra civile spagnola provocò una battuta d'arresto nel processo di colonizzazione del Sahara occidentale. Inoltre, con l'insediamento di un'amministrazione che attribuisce alla popolazione uno stato civile ed un documento di identità, si consolida l'autoidentificazione della popolazione autoctona nei confronti del solo interlocutore spagnolo e si consolida anche il sentimento dell'appartenenza territoriale al Sahara Spagnolo.
Dal 1934 fino al 1960 queste colonie vengono affidate prima ad un prefetto e poi a dei militari che lasceranno statica la situazione, anche perché nel frattempo la situazione interna della Spagna ed i suoi rapporti in Europa si complicano. Tra gli anni `50 e `60 però, al confine nord del Sahara spagnolo, ci sono disordini e scontri con il Marocco ed anche quando la Spagna cede dei territori , il Marocco non riconoscerà mai questo confine.
Negli anni '60 e `70 il territorio viene colonizzato intensamente, si cerca la collaborazione con la gente locale, si fanno riforme, ma questa colonizzazione intensiva, oltre che essere anacronistica perché in questo periodo altrove è in atto una decolonizzazione, ha l'effetto di indurre nuove forme di aggregazione attorno ad una coscienza anticoloniale,
formandosi movimenti indipendentisti. La scoperta dei giacimenti di fosfati ed il loro sfruttamento portano lavoro anche per gli indigeni che aumentano ancora di più la loro sedentarizzazione e l'aggregazione nelle città.
Nel 1970 si manifesta pubblicamente (dopo un periodo di clandestinità) il "Movimento di Liberazione del Sahara", condotto da Mohammed Bassiri (che viene considerato il primo movimento di liberazione dai colonizzatori), ma con una durissima repressione, questo viene sciolto.                   Un secondomovimento di indipendenza si coagula attorno a El-Wali Mustafa Sayed, studente saharawi in Marocco, e nel 1973 si fonda il Fronte Polisario (Fronte Popolare di Liberazione di Seguiat el-Hamra  e Rio de Oro) con obiettivi di lotta contro il nemico e con l'usodelle armi.
Nel 1974 il Polisario indica come obiettivo l'indipendenza del Sahara dai colonizzatori. Il Marocco, che nel frattempo non aveva rinunciato alle mire sul Sahara, formula ancora la tesi del Grande Marocco, anche se dopo l'indipendenza dell'Algeria (1960) e della Mauritania (1962) questo si ridimensiona, ma comprende ugualmente il territorio del Sahara. La Spagna entra a far parte dell'O.N.U. nel 1955 e dal 1965 l'Assemblea Generale adotta una decina di risoluzioni che indicano a Madrid di compiere ogni sforzo per giungere alla liberazione del territorio. Nell'agosto 1974 la Spagna informa il Segretario Generale dell'O.N.U. della sua intenzione di tenere un referendum, sotto gli auspici delle Nazioni Unite, per l'autodeterminazione dei saharawi; per questa ragione indice un censimento della popolazione che risulta composta da 20.126 europei e da 73.497 indigeni.
 
 


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