Interno della Basilica di S. Michele degli Scalzi

All'ingresso è posta un'acquasantiera in marmo bianco del 1636.
La parte inferiore della parete sinistra, in pietra verrucana, testimonia la preesistenza dell'antico oratorio di padre Martino, mentre la parte superiore in laterizio fu ricostruita in epoca medicea, insieme all'altare, in marmo bianco, eretto nel 1617 grazie ai finanziamenti del Granduca Cosimo II, ma poi restaurato con aggiunte moderne. Fu eseguito dallo scalpellino Sebastiano Bitozzi secondo il disegno da lui stesso fornito. Su una colonna a fianco dell'altare c'è un'iscrizione in cui è scritto: COSIMO II MAGNO DUCE 4 FOELICITER IMPERANTE AD MDCXVII. Particolare curioso è che lo scalpellino aveva scritto INPERANTE, e la N e stata corretta (malamente) in M. Al centro dell'altare è collocata una statua lignea della Vergine, più correttamente di Maria Mater Misericordiae, la cui devozione in questa Basilica risale al 1880.
A proposito di Maria Mater Misericordiae, è da ricordare che, come si evince dall'Archivio Parrocchiale, le feste in suo onore - che si tenevano in maggio giugno - erano assai importanti, organizzate dall Parrocchia e soprattutto dalla Congregazione (femminile) di S. Maria Mater Misericordiae, fondato nel 1890, di cui si conservano gli atti e il vessillo in Archivio. Degna di nota sarebbe stata quella delle feste cinquantenarie, 1930, tenutesi con gran sfarzo e concorso di popolo.

Nella parte terminale della navata sinistra erano posti gli affreschi con le storie di Abramo e Isacco.
Sulla parete della navata destra vi è un altro altare costruito dopo l'ultima guerra che ospita un dipinto raffigurante S. Michele Arcangelo con i nove cori angelici in alto e i sette vizi capitali in basso, di U. Giuliani (1981-84).
L'ampia tela è stata dipinta negli anni 1981-84 dal maestro Ubaldo Giuliani con la partecipazione di alcune sue allieve pittrici: Elena e Chiara Floriani, Thelma e Veronica Rodezno, Michela Festa, Paola Giustiniani, Viola Palla e Anna Piccioli.
Nel particolare, il quadro esprime un'ampia simbologia che si nota prima di tutto nella persona dell'Arcangelo, che è raffigurato scalzo, con una tunica bianca, proprio come vestivano i monaci dell'ordine fondato da San Giovanni da Matera. I vizi capitali sono rappresentati come demoni; il cattivo stato di coscienza con il fuoco; l'umiltà con la veste bianca; la dignità umana con il mantello azzurro; l'arte con la nube che sorregge il lavoro umano dei monumenti pisani; la volontà e la ragione con la spada e la bilancia; la speranza con le ali spiegate; e infine l'eterna giovinezza di Dio, con gli angeli, in alto.

Sopra l'altare è situato il "gioiello" della parrocchia: una Croce dipinta di scuola pisano-bizantina della metà del XIII sec., recentemente recuperata sotto una stesura di colore moderna, proveniente dalla soppressa chiesa dei SS. Cosma e Damiano.
Al centro del braccio destro del transetto vi è un altare in marmo policromo della metà del XVIII sec., già altar maggiore della chiesa e che attualmente conserva il tabernacolo con la Santa Eucarestia. Sull'arcata ogivale sono presenti le uniche tracce rimaste degli affreschi settecenteschi che una volta ravvivavano le pareti raccontando storie bibliche ed episodi della vita dei santi. Alcuni di essi, attribuiti al pisano Mattia Tarocchi, sono stati recuperati, restaurati ed esposti nel Museo di San Matteo.
Nel transetto sinistro vi è un organo Tamburini, completamente meccanico (a parte, naturalmente, il compressore che è elettrico): probabilmente il più grande e meglio conservato organo meccanico di tutta la provincia di Pisa.
Attualmente, dopo gli ultimi restauri, il livello della pavimentazione è stato riportato alle condizioni originarie, così da far riemergere i basamenti delle colonne.
Il 3 marzo 1985, S.E. Mons. Benvenuto Matteucci inaugurò la Via Crucis di bronzo dello scultore Alberto Sparapani, che adesso si snoda lungo le due pareti delle navate.
Nel corridoio che ospita la sacrestia, ricavato da un porticato del chiostro, si segnala, infine, un'acquasantiera in marmo con testa leonina, datata 1763.

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Un capitello della navata. Clicca per ingrandire	La statua della Madonna. Clicca per ingrandire	Il vecchio altare policromo del XVIII sec.. Clicca per ingrandire
La scritta di dedica a Cosimo II Medici	L'errore nella scritta di dedica	Veronica asciuga il volto di Gesù. Via crucis - A. Sparapani.
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Il quadro di S. Michele, di U. Giuliani. Clicca per ingrandire	L'acquasantiera del 1600. Clicca per ingrandire	Resti di affreschi del 1700
Il capitello più importante. Da L. Pera