Come imposto dallo standard delle grandi chiese romaniche della Normandia, l'elevazione era di tre livelli, caratterizzati dalla sovrapposizione di grandi arcate di gallerie reali, di false gallerie e di finestre molto alte.
Per poter reggere questo peso la soffittatura veninva costruita in legno, elemento decisamente più leggero della pietra, capace quindi di esercitare una spinta più delicata sui muri portanti.

I due lati della navata sono diversi tra di loro per via di un crollo del lato nord, avvenuto solamente vent'anni dopo il suo completamento. E' stato quindi ricostriuto all'inizio del XII secolo.
Per questo motivo troviamo i lati costruiti con tecniche diverse. Nel XI secolo l'archiettura è ancora rozza, le grandi arcate ed i trasversali delle navate laterali sono fasciati, ovvero costiuiti da una muratura a secco compressa tra due rivestimenti apparecchiati.
All'epoca della ricostruzione del lato nord, avvenuta nel XII secolo, gli archi sono interamente apparecchiati, ovvero costituiti da pietre tagliate che non possono spaccarsi come era accaduto adoperando la vecchia tecnica della malta del secolo precedente.

Gli archi sono inoltre leggermente spezzati al fine di diminuire le spinte laterali per dare più stabilità all'edificio.
Sebbene la tecnologia ed i progressi, l'architetto del XII secolo non ha osato quanto il suo predecessore. Infatti il muro ricostruito è troppo massiccio, le aperture dei matronei sono decisamente più strette e l'intero lato regge per effetto di massa.

E' evidente che il lato sud appaia più leggero e le mezze colonne che raggiungono la volta in legno sono incassate nelle costole poste in cima al muro dove si ricongiungono formando dei grandi archi di scarico.
Nel 1834 la navata venne nuovamente distrutta da un incendio e quindi ricostruita. Molte opere scultoree andarono perse e distrutte, mentre i pochi capitelli originali rimasti, scopliti nel granito sono molto danneggiati.

I due bracci del transetto sono però stati costruiti su altrettante cripte.
A sud su quella di San Martino, oggi ancora intatta. In effetti manca solamente il rivestimento pittorico, ma è ancora conservata l'intelaiatura in legno adoperata per la costruzione della volta,  a tutto sesto. I suoi capitelli sono stati realizzati in stile corinzio.

A nord sulla cripta della Nostra Signora dai Trenta Ceri, modificata in modo non radicale nel XIII secolo. Sebbene siano state costruite con la funzione principale di sorreggere il transetto, lo spazio al loro interno è ampio come quello di una vera cappella.

Sopra di esse, al piano superiore, i due bracci del transetto vantano volte a botte a tutto sesto.

Quando nel XIII secolo si decise di creare il complesso della Merveille a nord della chiesa, dovendo fare posto, il pignone del braccio nord venne ricostruito con un grande finestrato gotico.

1° Edificio
Lungo la parete nord i primi edifici risalgono alla seconda metà del XI secolo ed il più grande di essi si articolava su tre livelli.
Il primo piano, corrispondente al pian terreno, si trova la cripta dell'Aquilone, dove venivano assistiti i poveri.
Al piano centrale vi era l'ambulacro, una stanza molto grande adibita a vari usi.
Comprendeva al piano superiore il dormitorio che comunicava direttamente con la chiesa, per evitare ai monaci di dover passare all'esterno per celebrare le funzioni notturne.

2° Edificio
Di questo edificio ne resta solo la metà. Nel XVIII ne andò distrutta un ala, anch'essa articolata su trre livelli.
Il pianterreno era un prolungamento laerale della cripta dell'Aquilone, a forma di squadra.
Al piano intermedio vi era un locale, forse la cucina, che aveva accesso all'ambulacro.
Il senso delle stanze all'ultimo piano è ancora un mistero, infati la parte rimasta in piedi comprende solo i pirmi due piani.
Esiste ancora una stanza nella quale esisteva l'antica infermeria, comunicante con il dormitorio. Lo spazio sotto ad essa era occupato dalle latrine.

Il Dormitorio
In origine era lungo quanto la navata ed insieme ad essa venne accorciato nel 1776. Rimaneggiato e ricostruito, oggi ospita un museo sulla storia di Mont Saint Michelle.

L'Ambulacro
E' l'unica stanza degli edifici conventuali ancora risalente al XI secolo. E' posta sotto al dormitorio, divisa in due navate da colonne disposte a lisca di pesce. Il suo nome ci lascia intendere che avessa la funzione di chiostro.
In origine venne chiusa da una soffittatura in legno e la volta a crociera ogivale sostituì quella a crociera nel XII secolo.
All'interno del muro partiva un camminamento di ronda, accessibile dall'ambulacro attraverso una porta, che metteva in comunicazione i vari locali.
Purtroppo il camminamento non è più agibile a causa della distruzione di alcuni edifici romanici.

La Cripta dell'Aquilone
Questa cripta ha grandi e pesanti volte a crociera e prende luce da grandi aperture lungo la parete nord che permettevano il passaggio ad un locale sporgente verso un altro edificio, ora andato distrutto.
Data l'enorme facilità di accesso a questa stanza venne allestito nell'angolo nord ovest un piccolo posto di sorveglianza integrandolo al camminamento di ronda che correva dentro alle mura, il cui accesso era situato nell'ambulacro.

Dobbiamo ricordarci che per tutto il tempo in cui i monaci vi vissero, Mont Saint Michelle ebbe l'aspetto di un cantiere.
Dopo il catastrofico incendio del 1204, dopo i crolli della parte nord, dopo ancora l'altro incendio del 1138 fu Robert de Torigny, abate di Mont Saint Michelle, ad operare le più importanti modifiche.

L'alloggio del portiere e le Segrete
Il piano immediatamente sottostante a quello costruito sotto alle stanze dell'abate Robert de Torigny era lasciato al portiere come abitazione. Esso è attiguo al monastero attraverso una porta decorata da un arco a sesto acuto incorniciato da due archi a tutto sesto. Essa è una stanza molto piccola e parecchio rimaneggiata nel corso del tempo.

Al primo piano, invece, esistevano due stanze, le segrete, chiamate "i due gemelli". L'accesso alle segrete era consentito da due aperture nel pavimento. Il frate portinaio era anche carceriere. Sui "due gemelli" si seppe sempre molto poco e le due stanze rimasero avvolte da un alone di mistero. Di certo si sa solo che vennero fatte costruire per volere di Robert de Torigny, il quale, avendo riorganizzato la gestione dei beni del monastero, avrebbe da quel momento anche amministrato la giustizia sulle terre che governava.
A dispetto di ciò che molti sostengono, i prigionieri dell’Ancien Régime e del XIX secolo, non vennero mai chiusi nei due gemelli. Queste due stanze vennero adoperate solo come celle di isolamento, mentre la prigione vera e propria fu l'intero monastero.

Gli edifici a Meridione
Sul lato meridionale, lungo la navata, Robert de Torigny fece costruire alcuni edifici. Il più importante di essi fu quello che crollò nel 1818. Si trattava di una foresteria per il ricovero di pellegrini nobili e di un nuova infermeria per i monaci al piano inferiore.

La Cappella di S. Stefano
Più sotto ancora, al piano terreno vi era, ed è, la cappella di S. Stefano, giunta fino a noi, anche se restaurata in modo discutibile. La funzione principale di questa cappella era quella di vegliare sui monaci defunti. Essa poggia ancora su di un muro costruito nel XI secolo a difesa del monastero e durante tutto il XIII secolo venne pesantemente ricostruita.

L'Ossario e la Grande Ruota
Dal XI secolo il cimitero del monaci venne trasferito ad un livello inferiore rispetto alla parete a sud della navata dell'abbazia.
L'abate Robert de Torigny fece costruire al suo posto un ossario con quattro arcate, di cui tre volutamente ribassate per sostenere le rampe superiori. Nel XIX tra due di queste arcate venne inserito un montacarichi per rifornire di cibo la prigione.
Il principio era quello dei criceti nella ruota. All'interno di una grande ruota in legno entravano i monaci. Camminando in un senso piuttosto che in un altro, una lunga corda veniva avvolta oppure srotolata. Grazie ad uno scivolo il carrello di trasporto poteva correre lungo la rampa.

Questo buffo metodo veniva adoperato parecchio nei cantieri medioevali ma era già molto ben conosciuto dai romani.