Il coro viene recintato e abbellito con bassorilievi rappresentanti gli evangelisti.
Ricordiamoci che in questo periodo, al termine della guerra contro gli inglesi, inizia la guerra contro i protestanti.

Simbolo dei cattolici oltranzisti Mont Saint Michelle diventa il bersaglio degli Ugonotti guidati da Montgommery.
Tra la mura del santuario hanno vita tradimenti e controtradimenti fino al XVII secolo, quando, ristabilita la pace, i monaci benedettini di San Mauro, prendono in mano l'amministrazione di Mont Sain Michelle.
Essi giungono al monte nel 1622 e vi si insediano nel 1629 iniziando i lavori di ricerca storica caratteristici del loro ordine.

Scarseggiando i finanziamenti molti edifici dell'abbazia vennero demoliti. Ad esempio, nel 1776 la facciata e le prime tre campate della navata erano sul punto di crollare, si decise allora di abbattere tutto ciò che poteva essere pericolante, distruggiendo almeno mezza navata.

L'unico ricordo di originalità resta nei capitelli, imitazioni di quelli romanici, frutto di quello stile, neo-romanico, che sarebbe nato un secolo dopo.
Arrivò la Rivoluzione Francese ed i pochi monaci rimasti nel santuario se ne andarono, lasciandolo vuoto e abbandonato.

Nel 1792 riprese la funzione di carcere, ospitando in un primo tempo i preti non concordi alla costituzione civile del clero, poi i vandeani e i “chouans”, gli uomini di Jean Chouan, i reppublicani ed infine i delinquenti comuni.

Esso conteneva circa 600 detenuti, per i quali i locali vennero risitemati, divisi e trasformati, alterando la forma originale.

Rimase prigione di stato fino al 1863, quando l'amministrazione penitenziaria comprese l'importanza del monumento, iniziando i restauri della chiesa abbaziale, distrutta dall'incendio del 1834.

Nonostante i lavori non si potè impedire il crollo della foresteria voluta dall'abate Robert de Torigny, avvenuto nel 1818.

Con l'avvento del Romanticismo Mont Saint Michelle venne considerato un monumento di grande valore e per dieci anni ospitò nuovamente i monaci, che però nulla potevano fare per pagare gli enormi lavori di restauro di cui il complesso necessitava.

Grazie alla Sprintendenza ed alle Belle Arti se ne occupò nel 1874 lo Stato.

Le prime fortificazioni vengono costruire nel X secolo, grazie a Riccardo I. Egli insediò i benedettini dando loro il denaro necesasrrio per la costruzione di una cerchia difensiva, all'epoca una palizzata in legno.

Verso la fine del XI secolo, Enrico, figlio di Guglielmo il conquistatore, che sarebbe poi diventato duca di Normandia e re d'Inghiliterra con il nome di Enrico I Beauclerc, venne assediato, invano, sul monte dai suoi fratelli, nel 1091.

Allo stesso modo fallì l'offensiva dei bretoni guidati da Guy de Thouars nel 1024, che però diedero fuoco al complesso, per non lasciare una simile piazzaforte nelle mani del nemico. Quello infatti fu l'incedio che distrusse buona parte del complesso.

Viene costruita una cerchia di mura urbane che si unisce al barbacane del castelletto, quì sorge la torre Claudine, che oggi consente l'accesso ai giardini settentrionali. Su questa cortina passa il camminamento di ronda dei bastioni.
Il bastione prosegue fino alla torre di Nord, la più alta del complesso, e poi scende lungo il pendio naturale del monte.

Il camminamento di ronda viene sostituito da una scalinata in seguito ad una nuova fortificazione del XIII. Più in basso si trova la vecchia fortificazione risalente alla guerra dei cent'anni.

Si presume che la prima cerchia di mura difensive raggiungesse il villaggio e salisse fino a sud dell'abbazia dove oggi sorge la chiesa parrocchiale.

E' facile notare che tutte le fortificazione erette sul livello del mare furono costruite dall'abate Robert Jolivet tra il 1417 ed il 1420. Infatti i suoi stemmi sono scolpiti e ben visibili, come sulla torre del Riccio, la porta del Re (e tutte le altre poste tra loro due), dove si vede lo scudo sorretto da un leone di pietra che campeggia in una nicchia.

Per questo gesto viene ben visto dagli inglesi che gli affidano il compito di espugnare il stanuario ai 119 cavalieri francesi schierati attorno a Louis d’Estouteville, che rappresentano la nascente nazione francese.

Il conseguente assedio durò dal 1420 fino al 1450, sebbene vi furono alcune tregue. I tentativi degli inglesi di conquistare il monte furono solo due. Nel 1425 ci fu il blocco completo, terrestre e navale, ma l'intervento dei marinai di Saint Malo consentì di allentare la mora.

Il secondo tentativo avvenne nel 1434, fu un attacco violentissimo preceduto da un'operazione di artiglieria formidabile. Il risultato fu di aprire una breccia nei bastioni, ma la cavalleria francese fece rientrare l'attacco.
Durante le tregue si ricostruivano le fortificazioni.

La torre del Riccio, fatta costruire da Louis d’Estouteville nella prima metà del XV secolo, mostrava già caratteristiche analoghe al sistema difensivo che avrebbe apportato Vauban ben due secoli dopo.

La Mezzaluna, la torre Bassa, la torre della Liberà, la torre dell’Arcata e quella del Re accompagnano le mura fino alla Porta del Re.

Esiste purtroppo una moderna diga, costruita tra la torre del Re e ll'Arcata che riduce in altezza di molti metri il bastione, rovinando il complesso, un po come l'hotel Mamma Poulard ha rovinato per sempre parte del villaggio.

La città rimaneva il punto più debole e meno protetto di tutta la fortificazione dagli attacchi dell'artiglieria, così nel XV secolo venne costruita una piazzaforte militare alla quale venne aggiunto un avamposto nel XVI secolo da Gabriel du Puy.