Durante gli anni di guerra lo svolgimento delle lezioni non è sempre regolare sia per le incursioni degli aerei, sia perché molti insegnanti vengono richiamati alle armi. Particolarmente difficile è la situazione nei primi mesi del 1943: lo stesso edificio scolastico viene più volte bombardato, gli alunni vengono spostati, le lezioni sospese più volte (l’uno febbraio, dal 17 febbraio all’1 marzo, il 10 marzo c’è lo sfollamento). Anche il materiale d’archivio viene spostato e custodito altrove. In maggio c’è la riduzione dell’orario prima e  poi la chiusura definitiva dell’a.s. (13 maggio). In questi anni la scuola è frequentata anche dai cosiddetti alunni “sfollati” provenienti dai centri maggiormente sottoposti ai bombardamenti.

             Per i due anni scolastici successivi, il 1943- 44 ed il 1944- 45 non abbiamo trovato documenti, per cui abbiamo dedotto che, a causa della guerra, o le lezioni sono state sospese, o il materiale è andato perso.
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