Le prime proteste del popolo si manifestano nella primavera del 1943 attraverso scioperi nelle fabbriche. Così fecero le maestranze della Cementifera di Broni, grazie soprattutto all'iniziativa delle donne che, nonostante divieti e minacce, avviarono la lotta e la inoltrarono per alcuni giorni. Fu questo uno dei primi segnali di protesta dell'Oltrepò Pavese. In seguito a tutte queste pressioni, unitamente allo sbarco anglo-americano del 10 luglio in Sicilia, il Duce viene arrestato. La notizia provoca in tutta Italia manifestazioni di gioia ed entusiasmo del popolo; anche in Oltrepò, vengono distrutti i simboli del regime fascista. Ma il 16 settembre 1943, il Duce, liberato dai Tedeschi, annuncia la formazione di un nuovo governo che prenderà il nome di Repubblica Sociale Italiana (con sede a Salò) e promette che spazzerà via "i traditori" del 25 luglio. Attraverso i famosi "bandi Graziani", i giovani vengono chiamati alle armi, con le buone o con le cattive maniere. Ma ormai l'animo partigiano e gli ideali antifascisti sono vivi in tutta la popolazione e la determinazione di schiacciare le forze nemiche è alta. Iniziano così, in tutta Italia, gli anni del terrore caratterizzati da scontri, guerriglie, torture, fucilazioni, evasioni.....

L'episodio che segna la storia di Cigognola si ricollega a quel lasso di tempo che precede la liberazione, fine delle illusioni nazi-fasciste. Nell'autunno del 1944, avendo i nazi-fascisti individuata la presenza di una radiotrasmittente nel castello di Cigognola, procedettero all'occupazione del luogo con forze della Sicherheits Abteilung. Questa unità faceva parte della 162° Divisione Germanica ed "era un corpo di polizia politica che aveva il compito di torturare e di uccidere più che di fare la guerra. Era sorto a Voghera per opera di Alfieri, un ex colonnello di aviazione divenuto tristemente famoso per le sue atrocità, cui più avanti sarebbe succeduto il colonnello Fiorentini. Vi si arruolarono uomini attempati e ragazzi. Molti purtroppo, assetati di sangue e di strage. A noi giungeva l'eco delle loro scelleratezze, catture, saccheggi, incendi, distruzioni, violenze, soprusi di ogni genere" scrisse Don Rino Cristiani. Ad occupare Cigognola fu il tenente Livio Campagnolo con le sue squadre, coadiuvato dal sergente Serra. Questi stazionarono nel castello per quasi sei mesi durante i quali si resero autori di indescrivibili atrocità. Il 20 marzo 1945 la liberazione era alle porte e la Sicherheits lasciava Cigognola nelle mani dei militi della Brigata Nera, in buona parte originari del luogo e assai meno feroci. Annotava mons. De Tommasi:" Da Cigognola scendono carri di ogni ben di dio della Sicherheits, hanno svuotato il castello che ora viene occupato dai militi della Brigata Nera". La formazione nazi-fascista vi ritornò però il 22 aprile per l'estrema resistenza prevista contro la calata dei partigiani. Dall'opera "Le brigate Garibaldi nella resistenza", al documento n°752 si legge: "a Cigognola la lotta è stata dura e lunga; gli uomini della 6° brigata che avevano circoscritto fin dall'alba il fortilizio nemico riuscirono ad occuparlo dopo un combattimento durato ben dieci ore".